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  • 因为注释数据里没有这个分类😂

    从TCGA数据中提取lncRNA(这是一个找bug教程)

    从果子老师的从TCGA数据中提取lncRNA并进行下游分析一文中,我学到了如何从TCGA表达谱数据中提取RNA。老师的教程已经写的很详细了,我再补充一点:如何下载GTF注视文...

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    用随机森林算法进一步筛选差异表达基因

    前言 很多时候,我们分析完差异表达基因后,发现会得到一大堆差异基因,常见的做法有降低Pvalue的阈值,挑选fold-change最大的基因,做通路富集然后挑重要通路上的基因...

  • 这里,我之前采取的办法是,从前往后每次取n个特征,构建随机森林,绘制精度曲线,取达到精度峰值对应特征个数的基因

    用随机森林算法进一步筛选差异表达基因

    前言 很多时候,我们分析完差异表达基因后,发现会得到一大堆差异基因,常见的做法有降低Pvalue的阈值,挑选fold-change最大的基因,做通路富集然后挑重要通路上的基因...

  • 之前安装bracken,我发现,先安装kraken2,然后安装 bracken,bracken不能用,但是用conda同时安装这两个,bracken就能正常使用了,我猜测是分开装有些辅助软件会不兼容。

    Kraken2+Bracken

    1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件,能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

  • @Ading耶 这个应该是kraken2 的一个脚本

    Kraken2+Bracken

    1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件,能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

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    抖音APP的视频数据采集方法(简书首发)

    一、前言 从现在开始会偶尔写一些付费的内容,之所以要写付费内容,主要基于以下几点,占比权重依次降低。1、我喜欢钱。2、建立有用知识的门槛,把有用的东西给予真正需要的人。3、通...