> DEGs = FindMarkers(single_cell, + group.by = "seurat_clusters", #进行差异分析的组名 + ident.1 ...
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【求助】为啥保存的marker基因xls文件没有行名（基因名称） -
ggplot2回顾(12): 一页多图1. 运用子图 需要使用pdf(), png()来存储，因为ggplot2自带的ggsave()只能保存一张图 运用这种方法时，比较麻烦的地方是需要自己手动调整子图的位置。 ...
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ggplot2回顾(11): 主题设置1. 内置主题 1.1 theme_gray() 默认主题：灰色背景，白色网格线 1.2 theme_bw() 黑白主题：白色背景，灰色网格线 这两种主题都由参数base_s...
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ggplot2回顾(6): ColorBrewer配色方案配色方案很多，目前只会这一种，但也够用了。 library(RColorBrewer)library(scales) 1. 展示调色板 display.brewer.all(...
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如何将Seurat3.0版本的object转换为monocle的CDS
之前Monocle2直接输入Seurat object只适用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的issue处表明暂时还未有直接将S...
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Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞...
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ggplot2-基础部分同样是一无所有，有的人觉得有朝一日可以拥有全世界；希望你是有的人，可以没脸没皮地积极向上; 准备画布 数据需要是数据框格式 diamonds是ggplot2自带数据集 加点，...
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10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10X Genomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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Seurat：Guided Clustering Tutorial说明：仅根据官网指南加个人理解，相应图片参考官网（目前官网上最新的Tutorial已经更新成Seurat3.0版本，下面的流程是2.4版本，有些许出入。新版本将会在2019年...
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单细胞转录组测序分析--再说Seurat上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题就在于批次效应，任何一个试验步骤都容易带来批次效应，多个样本...
