GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件，例如bcftools,...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率 -
差异剪接分析软件rMATS结果文件解读(v4.1.2)第一次做差异剪接分析，rMATS做完后一头雾水，查阅资料整理了一下结果文件。 我使用的版本是v4.1.2，用conda安装的，软件的安装和使用就不细说了，网上已经有很多帖子，...
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yao号角 ·感谢作者的分享
生成geno2go那一步有点慢，用这个来生成geno2go的表会快很多
gos_list <- function(x){
the_gos <- str_split(x[2], ",", simplify = FALSE)[[1]]
df_temp <- data.frame(GID = rep(x[1], length(the_gos)),
GO = the_gos,
EVIDENCE = rep("IEA", length(the_gos)))
return(df_temp)
}
gene2gol <- apply(as.matrix(gos),1,gos_list)
gene2gol_df <- do.call(rbind.data.frame, gene2gol) -
生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
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你好，想问下你的问题解决了吗，我做vcftools和plink都出现了跟你差不多的问题，但两个出现的问题又不完全一样，首先生成的ped文件应该都没问题，但vcftools生成的map文件第一列为0，也是跟你一样的错误没法识别染色体，但第二列显示正常的snp位置，而plink生成的map文件则是第一列正常，第2列为0。这样生成的文件没法用eigensoft进行pca分析，而用plink却可以独立完成pca分析，不知这个问题是否跟你一样？
2021-03-17 在linux上将vcf文件转plink的格式bed,bim,fam
我现在的问题是这样的vcf文件转plink的格式方法一vcftools 出错这样 方法二plink 都是一样的结果 就无语之前我的文件有这些 现在是这些 然后看到了这些 然后...
