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  • conda是用来进行创建虚拟环境用的,不是分析软件,分析使用的CellphoneDB,画图通讯圈图是用的R语言的igraph包

    CellPhoneDB

    背景 受配体介导的细胞之间的通讯分析对于协调发育、分化和炎症等多种生物学过程至关重要。CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库,有别于其他数据库的是CellPh...

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    CellPhoneDB

    背景 受配体介导的细胞之间的通讯分析对于协调发育、分化和炎症等多种生物学过程至关重要。CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库,有别于其他数据库的是CellPh...

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    第二章 ArchR对象

    上一章我们介绍了有关于scATAC-seq的相关内容,包括scATAC-seq的优缺点、分析软件已经分析方法的介绍。从本章开始,开始介绍使用ArchR来进行scATAC-se...

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    第一章 简介

    1 背景介绍 在人类细胞中,长达2米的DNA被压缩在5微米的细胞核中。细胞通过DNA在周围的组蛋白进行分层折叠的方式形成核小体,然后核小体压缩行程染色质。这个分层压缩的机制将...

  • 大佬你好,单细胞转录组对生物学重复有什么要求吗

    Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新

    随着单细胞技术的成熟,同一细胞内的信息越来越多被揭晓。在转录组时代,我们说单细胞是一个rna的盒子,细胞类型是基因特异性表达的结果。现在,我们可以说单细胞是中心法则的反应器,...

  • 你好,在现在官网的数据的时候下载不下来要怎么办,能手动下载下来在加载吗?如果可以的话,要怎么加载,谢谢。

    细胞类型鉴定|| 你要的SingleR教程,一本书够不够

    An ancient interdimensional horror who has recently awoken from his aeons-long slumber....

  • 你好,你的各种数据库下载的时候有障碍吗,我这边的数据库各种下载不下来,有没有手动加载数据库的方法

    学习对scRNA-seq数据注释的R包SingleR

    Using SingleR to annotate single-cell RNA-seq data 参考:https://www.bioconductor.org/pack...

  • @三班最帅体委 你解决了吗,我也遇到同样的问题了

    10X单细胞测序分析软件:Cell ranger

    单细胞测序有着漫长的过去,却只有短暂的历史---谁说的! 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了,说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...