医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何学习R语言[https://www...
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零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)
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秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以参考这篇👇，更加方便：生信 | 超便捷！iSeq同时支持快速下载GSA/SRA/ENA的数据[https://www.jianshu.c...
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WGS全流程的学习笔记
Part1 数据下载 先去Korean Personal Genome Project下载了编号为KPGP-00001的数据。 先说一下KPGP吧，中文名叫韩国个人基因组计...
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肿瘤外显子全流程notesPart0背景知识 Q：什么是外显子测序呢？A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组包含约1%的...
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基因ID转换方法总结1. clusterProfiler包，bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO...
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wilcox.test 进行 RNAseq 差异表达基因分析
如果拿到的表达谱不是原始的read counts数据而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）来进行差异表达基因分析。我们可以手动用wilcox.test 函数手动进行分析...
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TCGA+biomarker——单因素Cox回归
生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计...
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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会...
