问题：由于基因组文件路径含有中文报错？OK，换成英文就没用问题了。
发简信
IP属地：山东
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2023-05-23 prefetch 下载报错
prefetch.3.0.2: Current preference is set to retrieve SRA Normalized Format files with ...
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2023-04-16 STAR比对软件
1、转录在数据比对软件STAR是ENCODE计划(ENCyclopedia Of DNA Elements,人类基因组DNA元件百科全书计划)的御用pipeline工具。相对...
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2023-04-14 GFF与GTF的相互转换现在主流的基因组注释文件GFF3，分为9列，并用制表符分隔。1、序列名（seqname）。一般是染色ID，chr12、来源（source）。一般软件名EVM3、特征类（fea...
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2023-04-11 转录组原始数据下载
1、数据获取 转录组原始数据一般以SRA的格式存放于NCBI，并且有一个ID，如一个项目ID：PRJNA778905；单个原始数据的ID：SRP346255。一般转录组一组3...
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基因家族共线性分析之一1、准备序列和GFF文件 过滤gff3文件awk '1}' | awk '{print 9"\t"5}' | sed 's/ID=//' > As.gff同样的操作简化大葱...
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2023-04-08 基因家族共性性分析
随计 1、利用Pfam 查找基因家族 2、准备大蒜、洋葱、大葱的蛋白序列、CDS序列、基因组序列、GFF3文件 3、使用blast+比对或者diamond(更快） 4、使用M...
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SnpEff 注释SNP/Indel
SnpEff 软件需要使用Java运行，常用的两个命令build和eff, build 用于构建数据库，eff用于对SNP/Indel 进行注释。注：因为是基于JAVA平台，...
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parallel-fastq-dump
需求：从NCBI下载SRA高通量测序数后，需要转换格式。解决：一开始使用的是fastq-dump将SRA转换成fastq格式，但是遇到一个问题，那就是太慢了。有个它的升级版p...
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2023-02-27 OrthMCL同源基因分析
1、安装软件orthomcl wgethttps://orthomcl.org/common/downloads/software/v2.0/orthomclSoftware...
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Trinity组装
1、使用安装软件 conda install trinity 2、软件使用 Trinity --seqType fq --max_memory 50G --left read...
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Aspera 软件
高通量测序原始数据一般都很大，普通下载速度太慢，有没有适合高速且适合下载大数据的软件？Aspera非常适合大数据的传输。软件下载 tar -xzvf ibm-aspera-c...
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SRA 软件
SRA软件从NCBI下载高通量测序数据.1、安装SRA tar -xzvf sratoolkit.tar.gz 解压PATH:/opt/biosoft/sratoolki...
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filezille 连接centos8服务器问题：用笔记本登录Filezille想连接centos 服务器，结果给我来了个报错错误: 20 秒后无活动，连接超时错误: 无法连接到服务器 自己用windows 终端 ss...
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使用TBtools 从基因组提取DNA序列需求：想要查看一个基因的直系同源基因在不同物种的区别，如上游启动子区，3端-UTR 区域，CDS区 比如我有一个大蒜基因Asa7G00205, 1输入基因组序列2设置输入序列...
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利用R语言绘制箱线图箱线图（box plot)主要从四分位数的角度展示数据的分布，最大值（Q4）、上四分位（Q3)、中位数（Q2）、下四分位数（Q1）和最小值（Q0）5个位置来获取一维数据的分布...
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grep 练习一
1、需求：根据染色体位置大小提取indel 信息 我的目的基因在chr4 染色体1349548769-1349551625先将染色体4号的indel 提取出来grep 'ch...
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windows 系统共享网络给无网络的contos8 服务器在有些情况下，一台没有网络的服务器需要联网下载一些软件和开发工具。 1、准备一台笔记本电脑，连接上无线网络。 2、在windows 笔记本电脑打开网络适配器，同时选中无线网络...
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换成python版MSCanX jcvi
MSCanx 共线性分析之二
1、准备数据 mkdir mscanxcd mscanxmkdir datacp 10\ Garlic.pep ~/mscanx/data/garlic_pep.fastac...