火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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R绘图：ggplot2绘制火山图 -
三分钟看懂TMT技术之分析质控篇
作者：童蒙编辑：amethyst 蛋白质组学在人类疾病研究应用已经有所展开，如癌症、皮肤病、心脏病等。研究包括寻找与疾病相关的单个蛋白，整体研究某种疾病引起的蛋白质表达或修饰...
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文献笔记-微流控技术与单细胞组学作者简介 这篇文章是今年（2019）年发表在Annual Review of Biomedical Engineering杂志上的，作者是樊荣教授，樊荣教学是耶鲁大学生物医学...
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简单了解蛋白质互作网络(PPI)蛋白质互作网络（PPI） 蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号...
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蛋白质组DIA深度学习之谱图预测1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库（database search）的bottom-up策略研究。也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分，从而实现肽段和蛋...
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5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等)[序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 蛋白质是生命功能的执行者，一切生命活动都与蛋白质有关。我们知道...
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蛋白质组学数据搜库及FDR的控制Part 1. 蛋白质组学中，谱图搜库是如何实现的？ 蛋白质组学中，各种软件对质谱得到的谱图进行搜库时通常是利用以下三种方法之一进行： 根据相关的质量信息获得部分或完整的肽序...
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从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安装。 目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。 第一...
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简单的Spike-in和hisat2比对起因是在阅读一篇文献时发现了这么一段话： In the initial step,we spiked 2 × 106 mRNA-GFP and 2 × 106 mRNA-RF...
