使用HicPro处理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
发简信
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HI-C 数据分析pipeline（三：AB compartment 区室计算） -
HI-C数据分析 pipeline（一：上游数据预处理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文总结了Hi-C原始数据处理流程，以及不同H...
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HI-C数据分析 pipeline（二：数据格式转换）
由于HIC数据目前很难用一个软件就能将全套流程全部分析完，从数据预处理到后续的TAD计算，loop计算等需要用到众多软件，但是在数据格式方面，各大软件又不一致，所以要进行很多...
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对于纯生信SCI来说，1分未必就好发，5分未必就难发
在正常的情况下，很多人普遍认为SCI期刊的影响因子越低，就越好投，就是容易发表。一般情况下，这样的思维和想法都是对的。但是对于一些特殊类的文章，这种想法是行不通的，例如纯生信...
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和这样的女孩谈恋爱最累。
大家好，这里是胡hu萝卜须。公总号：胡hu萝卜须 ▼ 随着年龄的慢慢增长，真的越来越喜欢那种无负担的恋爱了。 不喜欢麻烦，不喜欢哄来哄去。 最好能别给对方添麻烦，两人都轻轻松...
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ATAC-seq数据可视化——超简单教程
大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。 ATAC数据一键处理基因组学研究生，公众号：基因组学研究...
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GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。先来观察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam
数据从下机fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要运行去接头，比对，去复，去MT，shift，排序等... 尽管俺把他们都写在了一个shell中，但是每次还是需要...
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3D Genome可视化工具
3D Genome 可视化工具 可视化工具介绍 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）项目挺有意思的，即旨在理解核的三维结构加上在时...
