在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法 -
docker | 生物信息实践中 docker 常用命令写在前面 前述介绍了如何在「Windows」下安装 WSL2+Docker。类似的操作，可以更为简单的在 MacOS 或者 Linux 下实现。一切目的，我们要的就是「使用 ...
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R语言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’PS：也适用于找不到包的情况，不仅仅是依赖...最近整合了团队的几部机器，做成了小集群，于是很多计算环境重新部署。这两天有个项目需要返工，发现之前流程代码无法正常运行。基于报...
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点点点，KEGG Pathway 通路富集分析写在前面 前段时间，推过两个教程，分别是：1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》 ...
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随笔 | 做一个“有情怀”的人 - 关于软件开发和日常琐事
想来想去，倒是可以记录一下最近的一些事件和思考。 删了一行代码，功能加速 100 倍 写代码也有好几年了，尽管是业余工作，但多少还是有一些提升。肉眼可见的是，开发速度明显下降...
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2020-01-24 【转录组】四、 samtools 转换及排序命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 输入格式为sam，-b 输出格式为bam 转换成bam格式...
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教程 | 可视化 多组 基因差异表达分析 结果写在前面 最近做了一些转录组数据分析。想想，上一次这么精细地分析转录组数据，都是三五年前的事情。整个实验设计是一个器官的不同发育阶段。按照最传统的做法，不同阶段，两两间进行差...
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学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。 那么问题来了，在...
