macs2 callpeak其中的一个参数-g，设置有效基因组大小， 根据教程Introduction to ChIP-Seq using high-performance ...
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有效基因组（Effective Genome Size）大小计算
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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R绘图 | 一幅小提琴图的美化之旅R绘图 | 一幅小提琴图的美化之旅 五一假期，来点轻松点的知识！ 整个新系列。目前的几个系列， #R实战 以生信分析为主， #跟着CNS学作图 以复现顶刊Figure为主，...
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@MMZZJQ 没有，你解决了吗
使用liftover创建注释Chain文件（基因组坐标转换）
问题情形： 在自己组装出一个基因组之后，会想要看自己的序列的组装情况和染色体朝向，或者是想根据已有的基因组注释文件创建自己的基因组的注释文件。这个时候需要的是一个chain ...
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文本去重复并按重复次数排序
用于演示的测试文件内容如下： [plain] Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple ...
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您好，请问这一块可以详细操作一下吗？
“另外，需要搭建parasol集群环境：
参考：http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Parasol_job_control_system
需要注意的是：文档中并未提及需要能免密ssh localhost，需要自己手动配置免密ssh本地，设置好后其余的按照文档要求做即可。”使用liftover创建注释Chain文件（基因组坐标转换）
问题情形： 在自己组装出一个基因组之后，会想要看自己的序列的组装情况和染色体朝向，或者是想根据已有的基因组注释文件创建自己的基因组的注释文件。这个时候需要的是一个chain ...
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【比较基因组】共线性分析（JCVI）比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析，虽然后面有java的包来支持...
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你好，请问怎么安装transanno呢，github上没看到安装方法
使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？
不同基因组版本的位置（坐标）对应关系，在数据分析环节经常用到。 位置对应关系通常通过比对来获取，而信息一般存储在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
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使用pyGenomeTracks绘制表观展示图pyGenomeTracks是什么 首先在介绍pyGenomeTracks之前， 先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的应该就是...
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@caokai001 您好，请问这个热图怎么画呀，用哪一个数据呢
【三维基因组】TAD分析软件—InsulationScore
Insulation Score是由dekker实验室开发的，软件路径（https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker） 分析原理 总结...
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2022-07-25 TAD-InsulationScoreCworld matrix2insulation.pl hicpro matrix 转换 image.pngimage.png addHeader matrix2insula...
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hic分析之分步工作原理参考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介绍与安装 分步工作原理： 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介绍： 1.Reads Mapping 将fastq文...
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结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（Cell Stem Cell 2017 Nov 2;21(5):650-664.e...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
