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免疫组库分析软件MiXCR的安装和使用安装 conda安装 普通安装 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系统上使用linuxbrew安装 将已经安装的MiXCR更新到最新版本 手动安装 在r...
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neoantigen计算机预测的一般流程简介
首先,简单介绍一下新抗原(neoantigen)的含义,它是肿瘤细胞特异性表达而正常细胞(除了睾丸之外)的一种抗原性多肽, 它能被免疫系统的T细胞识别,从而到达特异性杀死肿瘤...
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CD-hit安装及使用
cd-hit是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来...
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免疫基因组指标的计算（6个）1.Mutation load 肿瘤突变负荷 2.新抗原负荷（Neoantigen load） 配对样本的全外的.bam数据，第一步通过POLYSOLVER tool工具对每...
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TCGA数据下载和整理的三种方法TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
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实战之 mutect2检测somatic变异流程1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit，是BroadInstitute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很...
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SLURM 资源管理系统
在上一篇中我们简要介绍了 LSF 作业管理系统，下面将介绍 SLURM 资源管理系统。 简介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
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WES中常见问题汇总参考链接： https://mp.weixin.qq.com/s/awdjoXRYobrQAbXmAp3C0g gatk4的使用：https://zhuanlan.zhihu...
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fastp全新的数据质控软件各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理，以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控，使用cutadap...
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Fastp:质控 +过滤数据
常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。fastp的githubfastp的出版地址 1.Fastp 软件...
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学习WES数据分析流程
参考学习资料：笔记视频教程知识库 首先安装软件 先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/he...
