官网 https://busco.ezlab.org/[https://busco.ezlab.org/] 1、在线工具（http://usegalaxy.cn[http:/...
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BUSCO评估基因组完整性
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diamond安装及使用
软件github：https://github.com/bbuchfink/diamond?tab=readme-ov-file#readme[https://github....
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MAFFT软件安装及使用（Ubuntu）
序列比对软件（其他类似软件：muscle, T-Coffee, ClustalW） 软件网址：https://mafft.cbrc.jp/alignment/software...
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snippy + iqtree进行SNP分析及进化树绘制
1、使用snippy流程对多个组装的结果进行snp分析参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/558110833[https://zhuanlan.z...
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2024-03-01 全基因组circos图到底怎么画---使用R包circlize。
circos可以说是基因组文章必备的主图了。现在也有好多教程，先分别探讨下个人喜好点。 circos的软件。看官网的图，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白会很痛苦。因为他...
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教你绘制绘制circos图-简单！
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247485874&idx=1&sn=b14a1c0b3a663...
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手把手教你画Circos图导读 Circos是一个由加拿大科学家Martin Krzywinski利用perl语言开发的用于描述关系型数据和可视化多维度数据的软件。Circos凭借输入简单，不需要太多...
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PROVEAN安装（Ubuntu）
官网：http://provean.jcvi.org/index.php[http://provean.jcvi.org/index.php] 1、从README（http:...
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在微信公众号看到一篇有关PROVEAN的详细使用流程
软件使用总结 | Provean--预测有害突变最复杂的软件[https://mp.weixin.qq.com/s/TfV41JjeLG4Qe3IxFv9DCg]
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纯二代测序从头组装基因组基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组...
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DNA浓度计算拷贝数方法
核酸浓度单位是ng/μL。平均分子量（MW）：克/摩尔，单位道尔顿（dolton），即1dolton=1g/moldsDNA=(碱基数)(660道尔顿/碱基) 或 ds...
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Linux下解压各种压缩文件（unzip批量解压缩，tar批量解压缩）
.zip .rar .gz .tar.gz / .tar / .tar.Z / .bz2 tar批量解压缩不可使用tar -zxvf *.tar.gz，需逐个解压
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linux批量修改文件名-rename
Ubuntu系统安装rename rename 重命名用法 语法rename 's/src/dst/' * *可以匹配任意文件，可以加限制（*.jpg），单/双引号均可...
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conda中的R安装devtools包（Ubuntu）
运行安装在conda中的R，安装devtools时报错 安装缺少的依赖包install.packages("systemfonts")报错 主要问题是：ft_cache.h:...
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conda中的R安装xml2包（Ubuntu）
miniconda3中R安装xml2报错：（安装do包时发现缺少xml2和rvest包，单独安装xml2发现以下问题，libxml2及libxml2-dev安装后发现rves...
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conda使用R语言--安装（Ubuntu）
在conda中使用R语言可以避免很多问题，更方便，特别是在无root权限时 首先下载miniconda，https://docs.conda.io/projects/mini...
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我这边没有用分组文件，直接在命令行里输入的分组信息
ggplot2绘制堆积柱状图
R语言用ggplot2绘制堆积柱状图遇到的问题（y轴顺序、facet_wrap分面顺序）- 需要将名称因子化 1、用ggplot2绘制菌的堆积柱状图时，y轴的顺序是按照菌属的...
