不好意思，刚刚看见，希望你的问题已经解决了。我直接用cell ranger的output得到的bam。
scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element关键词：Transposable Element；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。 背景： 采用scTE对10X 单细胞测序数据进行TE定量，...
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IP属地：密歇根州
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scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element
关键词：Transposable Element；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。 背景： 采用scTE对10X 单细胞测序数据进行TE定量，...
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这个是 scVelo吗？
scVelo计算RNA速率
一.导入需要的文件 需要的文件：由R里面对Seurat对象的数据导出的1.velocyto pipeline 跑出来的loom文件2.细胞名字文件3.细胞属于的类群4.细胞坐...
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应该是可以的，Nextera 用到的Tn5 是野生型Tn5 转座酶的高活性突变体，更高效而已。
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特...
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质控，组装，预测，注释，比较，进化一条龙
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Nature | ENOCDE3 系列 小鼠胎儿发育中的时空DNA甲基化动态解析Nature | ENOCDE3 系列 小鼠胎儿发育中的时空DNA甲基化动态解析 日期：2020年7月29日杂志：Nature杂志影响因子：42.778原文标题：Spatio...
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转载 给学徒的ATAC-seq数据实战
本次给学徒讲解的文章是 :The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos...
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厦大本科，清华生科院博士生在读，对表观遗传，计算生物学，发育生物学领域感兴趣
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Genome Biology | The Deep Genome Project 深层基因组计划
原文：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-1931-9 作者: runup...
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Filter the columns
单细胞测序count table QC要filter 掉low quality cells（columns）比如：cells with fewer than 500 dete...
