写在前面 前天,在学位论文的完善中,有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2,包括两个亚家族,一个也叫AP2,另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...

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由于xx原因,需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了两三天终于把alphafold2的conda本地版本给安装上了,主要是下载数据比较麻烦和费时间,总...
1、分支结构 其他程序语言,一般需要用花括号{}来构造分支结构,但python主要靠缩进,相同缩进的程序为同一个代码块。这个特性,使python具有非常好的可读性。一般建议代...
语言元素 变量和类型 python支持以下数据类型: 整型:任意大小的整数,python 3 只有int类型。 浮点型:任意小数,支持科学计数法。 字符串:文本字符,一般用单...
学会perl或python,自己写代码修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'两种原因,ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
Python 的历史 python是由荷兰程序员Guido von Rossum开发,当时计算机性能弱,社会上的主要语言以优化性能为目的,导致语言的易读性非常糟糕。 Guid...
作为生命科学的从事者,不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
如果不谈公式,什么是遗传度? 从一个困扰的问题开始 是否你们也曾被这样一个问题困扰:找对象。找对象难、狗粮难咽已经成了当代年轻人,哦不,中年人时常挂在嘴边的话题。 不知道今年...
两种原因,ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
@苏点点 Power值是为了幂次运算后使数据复合幂律分布,而是否符合幂律分布是通过判断log10运算后的连通值与频数是否线性相关判定的,并用决定系数R2作为判断指标。注意,1,这个过程是充分不必要条件,某些情况下R2很高,但是逆运算后数据不符合幂律分布,例如y=ax+b,a=0;2,归回模型可能受到某个或几个权重点的干扰,使R2很高。所以,power为1时,R2=0.9应该谨慎看待,建议绘制Histogram of K条形图和log10(K) ~ log10(p(K))散点图观察power为1时数据的具体分布。
另外,对数据进行高幂次运算后可以使最初相关系数区分更加明显,从这个角度说power选为1也是不合适的。
针对你的数据来说,如果你用signed网络,power可以用20,如果用unsigned网络,power人为定义为9。
WGCNA 挑选软阈值我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...
@youyi 不清楚
MethylKit 使用手册methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包,其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
参考常见问答6
WGCNA 挑选软阈值我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...
使用bed12格式
MethylKit 使用手册methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包,其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
写在前面 全基因组层面可视化特征标记(如基因位点),从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签,Emmm,事实上,这个功能已经实现了太久,以至于我自己只记得...
太厉害了
IGV-基因组浏览器-改造记录(四)写在前面 前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
写在前面 前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
一:安装 (1)安装libgtextutils (2)安装fastx-toolkit 二:报错解决 (1)编译libgtextutils-0.7时报错 (2)配置fastx-...
@YANGSIYU 是的。另外,其他比对软件也可以。
phASER 计算等位基因表达等位基因的特定表达(allelespecificexpression,ASE)数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式(cis)调...
GATK用来call SNP, sampleID在call SNP之前 Add group时添加。
phASER 计算等位基因表达等位基因的特定表达(allelespecificexpression,ASE)数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式(cis)调...