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    Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件

    写在前面 前天,在学位论文的完善中,有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2,包括两个亚家族,一个也叫AP2,另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...

  • Alphafold2的conda版本的本地使用

    由于xx原因,需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了两三天终于把alphafold2的conda本地版本给安装上了,主要是下载数据比较麻烦和费时间,总...

  • Day3-5 分支结构、循环结构和构造程序

    1、分支结构 其他程序语言,一般需要用花括号{}来构造分支结构,但python主要靠缩进,相同缩进的程序为同一个代码块。这个特性,使python具有非常好的可读性。一般建议代...

  • Day 2 语言元素

    语言元素 变量和类型 python支持以下数据类型: 整型:任意大小的整数,python 3 只有int类型。 浮点型:任意小数,支持科学计数法。 字符串:文本字符,一般用单...

  • 学会perl或python,自己写代码修改

    ‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'

    两种原因,ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...

  • Day 1 初识Python

    Python 的历史 python是由荷兰程序员Guido von Rossum开发,当时计算机性能弱,社会上的主要语言以优化性能为目的,导致语言的易读性非常糟糕。 Guid...

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    NCBI下载SRA数据的4种方法

      作为生命科学的从事者,不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...

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    2020-02-11 “慢”谈遗传度 01

    如果不谈公式,什么是遗传度? 从一个困扰的问题开始 是否你们也曾被这样一个问题困扰:找对象。找对象难、狗粮难咽已经成了当代年轻人,哦不,中年人时常挂在嘴边的话题。 不知道今年...

  • ‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'

    两种原因,ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...

  • @苏点点 Power值是为了幂次运算后使数据复合幂律分布,而是否符合幂律分布是通过判断log10运算后的连通值与频数是否线性相关判定的,并用决定系数R2作为判断指标。注意,1,这个过程是充分不必要条件,某些情况下R2很高,但是逆运算后数据不符合幂律分布,例如y=ax+b,a=0;2,归回模型可能受到某个或几个权重点的干扰,使R2很高。所以,power为1时,R2=0.9应该谨慎看待,建议绘制Histogram of K条形图和log10(K) ~ log10(p(K))散点图观察power为1时数据的具体分布。
    另外,对数据进行高幂次运算后可以使最初相关系数区分更加明显,从这个角度说power选为1也是不合适的。

    针对你的数据来说,如果你用signed网络,power可以用20,如果用unsigned网络,power人为定义为9。

    WGCNA 挑选软阈值

    我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...

  • @youyi 不清楚

    MethylKit 使用手册

    methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包,其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...

  • 参考常见问答6

    WGCNA 挑选软阈值

    我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...

  • 使用bed12格式

    MethylKit 使用手册

    methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包,其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...

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    TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单!

    写在前面 全基因组层面可视化特征标记(如基因位点),从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签,Emmm,事实上,这个功能已经实现了太久,以至于我自己只记得...

  • 太厉害了

    IGV-基因组浏览器-改造记录(四)

    写在前面 前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...

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    IGV-基因组浏览器-改造记录(四)

    写在前面 前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...

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    Fastx-toolkit安装及报错解决

    一:安装 (1)安装libgtextutils (2)安装fastx-toolkit 二:报错解决 (1)编译libgtextutils-0.7时报错 (2)配置fastx-...

  • @YANGSIYU 是的。另外,其他比对软件也可以。

    phASER 计算等位基因表达

    等位基因的特定表达(allelespecificexpression,ASE)数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式(cis)调...

  • GATK用来call SNP, sampleID在call SNP之前 Add group时添加。

    phASER 计算等位基因表达

    等位基因的特定表达(allelespecificexpression,ASE)数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式(cis)调...