写在前面 前天，在学位论文的完善中，有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2，包括两个亚家族，一个也叫AP2，另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...
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Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件 -
Alphafold2的conda版本的本地使用
由于xx原因，需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了两三天终于把alphafold2的conda本地版本给安装上了，主要是下载数据比较麻烦和费时间，总...
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Day3-5 分支结构、循环结构和构造程序
1、分支结构 其他程序语言，一般需要用花括号{}来构造分支结构，但python主要靠缩进，相同缩进的程序为同一个代码块。这个特性，使python具有非常好的可读性。一般建议代...
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Day 2 语言元素
语言元素 变量和类型 python支持以下数据类型： 整型：任意大小的整数，python 3 只有int类型。 浮点型：任意小数，支持科学计数法。 字符串：文本字符，一般用单...
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学会perl或python，自己写代码修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
两种原因，ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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Day 1 初识Python
Python 的历史 python是由荷兰程序员Guido von Rossum开发，当时计算机性能弱，社会上的主要语言以优化性能为目的，导致语言的易读性非常糟糕。 Guid...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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2020-02-11 “慢”谈遗传度 01如果不谈公式，什么是遗传度？ 从一个困扰的问题开始 是否你们也曾被这样一个问题困扰：找对象。找对象难、狗粮难咽已经成了当代年轻人，哦不，中年人时常挂在嘴边的话题。 不知道今年...
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‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
两种原因，ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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@苏点点 Power值是为了幂次运算后使数据复合幂律分布，而是否符合幂律分布是通过判断log10运算后的连通值与频数是否线性相关判定的，并用决定系数R2作为判断指标。注意，1，这个过程是充分不必要条件，某些情况下R2很高，但是逆运算后数据不符合幂律分布，例如y=ax+b，a=0；2，归回模型可能受到某个或几个权重点的干扰，使R2很高。所以，power为1时，R2=0.9应该谨慎看待，建议绘制Histogram of K条形图和log10(K) ~ log10(p(K))散点图观察power为1时数据的具体分布。
另外，对数据进行高幂次运算后可以使最初相关系数区分更加明显，从这个角度说power选为1也是不合适的。
针对你的数据来说，如果你用signed网络，power可以用20，如果用unsigned网络，power人为定义为9。WGCNA 挑选软阈值
我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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@youyi 不清楚
MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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参考常见问答6
WGCNA 挑选软阈值
我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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使用bed12格式
MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！写在前面 全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得...
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太厉害了
IGV-基因组浏览器-改造记录（四）
写在前面 前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
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IGV-基因组浏览器-改造记录（四）写在前面 前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
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Fastx-toolkit安装及报错解决一：安装 （1）安装libgtextutils （2）安装fastx-toolkit 二：报错解决 （1）编译libgtextutils-0.7时报错 （2）配置fastx-...
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@YANGSIYU 是的。另外，其他比对软件也可以。
phASER 计算等位基因表达
等位基因的特定表达（allelespecificexpression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式（cis）调...
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GATK用来call SNP， sampleID在call SNP之前 Add group时添加。
phASER 计算等位基因表达
等位基因的特定表达（allelespecificexpression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式（cis）调...
