day9-1 单细胞数据的二次分群 1.背景 Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会...
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day9-1 单细胞数据的二次分群 -
单细胞Day8-2-多样本拟时序1.导入数据 类似单样本，输入数据是seurat做完降维聚类分群注释的数据 但是table的时候每种细胞数目不一样 但是每个样本的细胞数和metadata是一样的 UMAP长...
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单细胞Day8-1-单样本拟时序1.定义 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。以下是进行拟时序分析的几个主要目的：细胞状态推断、细胞轨迹追踪、细胞命运预...
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单细胞Day7-多样本数据-25.细胞类型注释 多样本的注释和单样本的是一样的。用的之前的自动注释 6.分组可视化及组间细胞比例比较 示例中：54 55 56是实验组，57 58 59是对照如果看不到，需...
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单细胞Day7-多样本数据-11.下载并整理数据 演示数据：GSE231920，3个treat+3个control 1.1字符串处理的函数 stringr包里的函数：str_sub()：用于从字符串中提取...
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单细胞Day6-marker基因和注释1.加载数据 直接加载之前的obj.Rdata 2.计算makergene 和差异基因里面的上调基因有点类似，某个基因在某一簇细胞里表达量都很高，在其他簇表达量很低，那么这个...
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单细胞Day5-单细胞单样本数据的处理1.下载和整理数据 示例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE231920[https://www.nc...
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R绘图|pheatmap热图绘制——高阶篇
绘图场景：在高通量检测数据中，我们在数据展示上往往都喜欢将感兴趣的功能或者通路基因绘制成热图形式，能够让读者一目了然的发现某功能是增强了？还是减弱了？在实际过程中，表型实验上...
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厦大本科，清华生科院博士生在读，对表观遗传，计算生物学，发育生物学领域感兴趣
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R语言里面的apply()家族简述这个教程目的在于介绍apply()家族在R语言的用法，apply()函数算是R语言里面很基础的一个函数，同时还有sapply()、lapply()、tapply()函数精简了...
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