Hayley笔记

1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...

whitebird

一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...

一同学习

Xshell功能强大，在使用过程中，本人习惯它的黑底风格，所以一直用的Xshell，虽然好用，但很多人的xshell是在软件管家里下载的，或是不知道哪里有免费的，所以下载到了...

黄晶_id

以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...

面面的徐爷

前言 衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。 Input文件准备 我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.cov.gz 文件 这里我们使用的...

面面的徐爷

前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG岛定...

六六_ryx

很明显，得到了表达矩阵之后，根据上面的样本信息，可以按照年龄，性别，取样部位来进行分组找差异。可以参考：https://github.com/jmzeng1314/my-R/...