sam转bam运行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后报错[W::sam_read1] parse error at line 1...
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避坑 sam转bam
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heatmap由于有太多NA无法聚类原因和解决方法有的时候数据中有NA，可以聚类出来，但是有的时候就会报一个这样的错误：“Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf in fore...
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菜🐣日记-转录组edgeR分析差异基因及案例演示菜🐣的第一次正式上手R，相当于翻译了 edgeR 这个包的 UserGuide，跑了第一个 case眼看写了这么多字，还是发一下比较好，万一有人看呢 edgeR简介 edge...
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找 illumina 接头序列1.https://support.illumina.com.cn/downloads/illumina-adapter-sequences-document-1000000...
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高通量测序中的接头（adapter）到底是什么主要参考 祝让飞 的文章及 Tufts 网站中的信息，特此致谢。 首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。 1 基本概念 1....
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads
把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam...
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R可视化：使用R的circlize包绘制样本-物种丰度关联弦状图R作图-使用circlize绘制样本物种丰度关联弦状图 circlize图也即是弦图能较好展示样本物种丰度关联关系，先前从lyao222lll博客下载过该教程，但是最近刘老师...
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R语言circlize包画一幅好看的弦图~完整示例数据和代码前些天在网上看到的代码，他最终的出图如下 这份教程的链接地址是 https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/...
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文献精读-24nt-siRNA介导的DNA甲基化（RdDM）不定期更新Author: Marijori A. Matzke and Rebecca A. MosherJournal: Nature Review Geneticsdoi: 10....
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在线RNA-seq可视化网站-目前见过最流弊的（多图慎点）先丢链接http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ 能做什么？可视化见过最全的的在线RNA-seq分析，把这些分析完，你的数据基本也就挖掘...
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六. 基因表达相关性分析与作图（R语言“corrplot”包）一. 简介 corrplot包是一个画相关系数图的包，可以用来对基因的表达数据进行分析，分析不同基因间表达的相关性。 二. 实例 1. 数据格式 2. R代码 3. 图片输出
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有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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R学习-hist与ggplot练习题-2018-12-04调查所在班级同学身高情况，并使用excel表记录具体如下： 1，将excel数据表转换成csv格式，并将文件数据读取到R软件中；2，将excel表中的数据复制到txt中，并将...
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RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同
RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括：RPM, RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是...
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KaKs_Calculator2.0+ParaAT计算两个物种间的Ka/Ks
1.软件安装 ⭐KaKs_Calculator2.0⭐ParaATKaKs_Calculator2.0[https://sourceforge.net/projects/ka...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因今天是不用学代码利用生信软件联合“点点点”就可以取得hub基因的“白痴”实操，赶快点起来～ Hub基因（关键基因）是在生物学过程中发挥重要作用的基因，它往往在通路中为主导地位...
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PPI | 一键预测基因/蛋白互作网络三年过去，我们更新了至少300个版本，尽管现在标签只是 TBtools v1.110。今天除夕，给大伙送一个新春大礼包，TBtools 主程序新功能，「PPI Predict...
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「miRNA系列」植物如何进行miRNA靶基因预测本科时便接触过miRNA，那个时候还查过一些关于miRNA相关的内容，准备在一个学习小组中讲讲，可惜的是，当时的自己也没有搞懂。而最近一次的miRNA-seq数据分析，终于让...
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如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的...
