强森森

我们平常做QTL或者GWAS时候总会接触到各种作图群体。今天就简单介绍以下常用的作图群体类型、构建方法及特点。 根据其遗传稳定性可将群体分成两大类：一类称为临时群体，如F2、...

强森森

一、case-control对象和表型的选择 在大群体中进行case-control GWAS 寻找性状的因果基因时，可以进行以下的对比 利用二分类质量性状 利用连续型数量性...

强森森

一、前期步骤 比对前准备好干净的样本名（不含特殊字符），比对时设定好read group，比对参数中不要去除未比对的reads，可在fastq缺失时恢复用 call变异时注意...

强森森

第三的1，那不也是把bam化成fastq吗

fasta、sam、bam相互转换

导读 fasta、sam、bam相互转换。总结一下，可能不是最好用的方法。 一、fasta <=> sam 1. fasta => sam 2. fasta <= sam 二...

胡童远

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强森森

可以github提个issue，或者查看有没有同样问题的issue

生信软件的使用:bwa-mem2小测试

写在前面 最近在利用小麦的重测序数据进行mapping，小麦是一个很奇特的物种，六倍体，有ABD三个基因组，基因组大小约为17Gb，因此，制约小麦重测序数据分析的一个很大的问...

blue_unique

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强森森

感觉segmentation fault一般是内存不足

生信软件的使用:bwa-mem2小测试

写在前面 最近在利用小麦的重测序数据进行mapping，小麦是一个很奇特的物种，六倍体，有ABD三个基因组，基因组大小约为17Gb，因此，制约小麦重测序数据分析的一个很大的问...

blue_unique

11005 4 2

强森森

GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法简介 1.1...

强森森

aria2[https://aria2.github.io/] 是一个自由、开源、轻量级多协议和多源的命令行下载工具。它支持 HTTP/HTTPS、FTP、SFTP、 Bit...

强森森

Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...

强森森

学习目的，就为了得到这个文本，命令：bedtools makewindows -g genome.chr.ln -w 200000 >200K.genome.3col；当然你...

强森森

请问什么叫观测值和期望值，如何定义和计算

4️⃣ 核酸序列特征分析(2):CpG岛预测

序列比对和序列特征分析总目录 哺乳动物基因组中5%~10%是CpG(二核苷酸），若CpG聚集则称CpG岛，其中75%左右呈甲基化状态，叫甲基化的CpG(mCpG）。 人类和小...

Y大宽

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强森森 ·

17年的时候被这个包折磨的很痛苦，后来没办法选了其他做正选择的软件

YoutH_bd4a 评论自rehh包的使用