我们拿到的观测数据常常是有缺失值的，有时候基于数据分布是可以预测缺失值。有时候却是不能，比如缺失值太多，数据量太小。因此，计算相关性时需要考虑到缺失值的使用。在R中的基础函数...
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R x相关性计算时缺失值的处理
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R语言可视化学习笔记之ggpubr包Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有...
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全解TOmicsVis完美应用于转录组可视化R包1. TOmicsVis R包简介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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一文学会单细胞转录组的CellRanger（一）一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一组分析管道，用于处理 Chromium 单细胞数据，将fastq原始数据经过比对等、生成表达定量矩阵、执行聚类...
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scRNA-Seq | Seurat 安装和输入数据类型
一、安装及载入 1.直接安装 BiocManager 安装 devtools 安装 conda 安装如果上述步骤尝试不可行，请尝试下面方法用 conda 安装 R 及 Seu...
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三分钟快速搭建Vue2+webpack项目三分钟快速搭建Vue2+webpack项目 项目目录 如下图： 图1 其中： 【package.json】：对项目进行描述，包括项目的基本信息、依赖模块的版本信息等等； 注意...
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KOBAS3-docker终于跑起来了。
前言：Docker安装成功了Kobas下载成功了，也load成功了无意间的操作，竟然跑成功了。呵呵 在成功跑起来之前，一直没有运行映射命令。 如果没有运行上面的映射命令。运行...
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DNA甲基化分析③使用bismark比对
1、将参考基因组进行重亚硫酸盐的预处理转换 结果： 2、将数据比对到已经转化了的参考基因组上 一次处理单个样本： 一次处理多个样本： ps:--genome /路径/ref...
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DNA甲基化分析②数据质控质控原则 好的结果需要好的数据。原始下机测序数据(raw data)中，有些reads包含有测序接头序列，这些序列不属于测序物种中的原有序列，因此质控过程中需要剪切去除。同时...
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bismark甲基化测序数据（WGBS、RRBS）处理流程傻瓜教学-bismark前期准备对自己这段时间魔鬼式修行linux的总结因为自己是小白，所以写了小白也能看懂的傻瓜教程（第一次写教程，有错还请大佬们指出） 1、数据下载 bismark要求fastq的数据格...
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DNA甲基化分析①数据及软件准备
（上接Mimiconda的安装与配置） 1、上传和下载数据 创建WGBS文件夹用来存放测序数据和参考基因组序列数据 下载参考基因组和注释文件 Gencode数据库网站地址：h...
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DNA甲基化数据分析(二)DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。 它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DM...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理官方手册（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇
经过预处理之后的数据，就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言，有两个方面的差异分析 DMP 差异甲基化探针 DMR 差异甲基化区域 在ChAMP包中，champ.DMP函数...
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ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇
对于甲基化芯片的差异分析，除了有探针水平的差异分析，还有差异甲基化区域DMR分析。 差异甲基化区域的示意图如下： 该图片来自Bumphunter的文献，图中绿色矩形代表的就是...
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R语言 -- 寻找差异甲基化区域（DMR）-- DSS 包
最好的文档其实还是官方文档。。。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...
