@_Melody_le 可以,表头其实储存的就是你的基因组染色体信息以及比对的命令,对比对的实际内容没有影响。删掉不需要的行之后记得仔细检查一下就好,不要只保留了read1而把read2丢掉了。
bam文件截取指定长度的序列截取长度在50-100的序列 截取长度为50,51的序列
@_Melody_le 可以,表头其实储存的就是你的基因组染色体信息以及比对的命令,对比对的实际内容没有影响。删掉不需要的行之后记得仔细检查一下就好,不要只保留了read1而把read2丢掉了。
bam文件截取指定长度的序列截取长度在50-100的序列 截取长度为50,51的序列
@dessertle 会麻烦点,可以按照插入片段来筛选。bam第九列是插入片段长度,根据这个提取符合长度的序列名字。然后根据序列名用seqtk提取bam文件。
bam文件截取指定长度的序列截取长度在50-100的序列 截取长度为50,51的序列
原理是这个原理,根据自己的文件改一下就好了
sam格式转fastq格式
sort -g filename
n = "\n", 就是把换行符赋值给n的意思,其实可以用seqkit更方便的
将某一多行的fasta文件转换为单行的fasta文件处理数据的时候经常遇到将多行fasta转换为单行,或者将很多行fasta串联起来合并为一行,下面是一些方法。 1、将多行fasta转换为单行的,并保留原来的头 ps ...
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需要提前安装GenomicFeatures 和 tximport
1、链特异性测序的目的现在二代测序主要有PE和SE两种策略,PE主要用于RNA-seq,SE主要用于小RNA测序(短片段文库测序)。PE测序,我们可以得到read1和read...
谢谢,我没注意这个参数,不过我是单端的数据。
二代测序数据(RNA-seq)比对率低怎么办在分析二代数据的时候,很常见的一个问题就是比对率低,下面是我就经常遇到的一些情况,以及解决方法。 影响测序数据比对率的原因 1.接头污染: 测序接头: 最常见的污染源就是测序...
很多人会使用PGA进行叶绿体基因组注释,但是PGA产生的genbank文件不够规范,对其进行以下修改,能解决很多问题:
如果我想把列表当作单独的一个域进行输出,直接print是最简单的方法,但是,输出时会有方括号[],用join()这个函数就可以删除掉这个方括号了。
是的,单端测序用到这个比较多,双端测序我目前没用到过需要截取指定长度的情况。
bam文件截取指定长度的序列截取长度在50-100的序列 截取长度为50,51的序列
截取长度在50-100的序列 截取长度为50,51的序列
eval得到的是字符串,get 得到是object。
处理数据的时候经常遇到将多行fasta转换为单行,或者将很多行fasta串联起来合并为一行,下面是一些方法。 1、将多行fasta转换为单行的,并保留原来的头 ps ...