使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 基因组组装大致可以分为三步（1）根据序列之间的重叠情况构建出contig，（2）基于二代的mate pair文库或光学图谱将co...
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使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 -
全基因组关联分析(GWAS)protocol全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是应用基因组中数以百万级别的单核苷酸多样性（Single Nucleotide Plo...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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@Arthur_4525 我可以邮箱你
简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值
GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。GWAS我也做了很多了，...
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简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值
GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。GWAS我也做了很多了，...
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群体DNA甲基化分析1——基因组各个组分相关统计写于20201114这部分，我是进行了基因组各个组分的一些统计。详细内容如下： 01.DMR和NSR在基因组中各个组分的占比 02.基因组各个基因组成分（exon、intro...
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EWASEWAS（Epigenome-Wide Association Study，表观基因组关联分析）其实就是用表观数据进行关联分析，目前用的最多的是5mC作为基因型进行分析。目前...
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TWAS（fusion）最近在看遗传数据与表达结合的东西，介绍一个经典的方法吧，fusion。 Gusev et al. “Integrative approaches for large-scal...
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使用pyGenomeTracks绘制表观展示图pyGenomeTracks是什么 首先在介绍pyGenomeTracks之前， 先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的应该就是...
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ggplot2使用patchwork包高质量拼图安装所需要的R包 加载所需的R包，并将默认主题设置为theme_bw()，并将图例放在图的顶部 创建一些基本图像： patchwork包水平拼接 垂直布局可以通过向plot_...
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公众号 R语言数据分析指南，欢迎大家关注
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把基因画在染色体上之前有一次，我导说“能不能把这些基因按顺序画在果蝇的染色体上”，因此，我寻找了一些实现这个需求的方法。经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。其它方法简单地...
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遗传学 博士研究生在读
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利用DMR进行PCA分析使用DMR进行PCA的主要目的是为了探究亚群中DMR是否存在大的差异，可以将不同亚群分开。因为我们知道DMR在植物中存在三种类型CG、CHG和CHH，那么我们就需要对三种甲基...
