zzxzzx9841

请问一下PrepSCTFindMarkers这个函数是不是只需要在integrated的数据集用呀？

新-03.使用SCTransform标准化流程质控降维

具体改进： 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2，此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...

科研小徐

5007 3 11 1

zzxzzx9841

您好，请问这个函数是不是只需要在intagreted的数据集用啊？

seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析

一、FindAllMarkers()函数报错 最近事情太多，好久没有写简书，断更很久，惭愧。前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发...

whitebird

7160 5 21

zzxzzx9841

想问一下，为什么我用fastq-dump拆分也只能拆分出一个文件呀？参数设置的和您是一样的😭

2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics数据

写这个记录的缘由，是我在生信技能树[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到这样一...

Yuchen_Li

4913 2 8

zzxzzx9841

请问如果是这样的文件：R1是cDNA，R2是index，R3的前10nt是UMI，要怎么处理呀？直接count嘛（双端测序）

cellranger count使用

1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellranger m...

谢京合_数据分析人

14933 28 13