前言 与传统的单细胞分析工具不同，muscat更加关注于揭示样本间的变异性，从而得出更具普遍性的结论。在上一期的推文中muscat：专注于多样本多分组的单细胞差异分析[htt...
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muscat代码实操（一）：模拟复杂的 scRNA-seq 数据以及评估不同的差异表达分析方法的性能 -
R>>pheatmap01-列标签颜色修改pheatmap是绘制热图的神包，在绘制过程总常常会遇到一些小细节，需要慢慢的磨合取调整，下面就逐步来攻克这个过程中的小脾气，首先是列标签颜色的调整，这时候用到的是annot...
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使用R语言绘制折线图写在前面 昨天我们分享了使用Python绘制折线图的教程，跟着NC学作图 | 使用python绘制折线图[https://mp.weixin.qq.com/s/PiIE78A...
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SCPA（二）：揭示两群细胞代谢活性差异
前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示两群细胞通路差异的优化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5OD...
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funkyheatmap |临床+组学+分组数据可视化“神器”，时髦的热图
|本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/04FA3O4QVwg9CNtHBWbUYw[https://mp.weixin.qq...
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文献:单细胞+空间转录组分析揭示大肠癌中 成纤维细胞和巨噬细胞的相互作用文献名称: Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP fibroblasts and SPP1 m...
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癌细胞远程遥控巨噬细胞，为转移做足准备“前方请注意！前方请注意!有癌细胞出没！” “收到！巨噬细胞听我口令，吞噬前方癌细胞！” “报告，巨噬细胞受到抑制，沦陷在敌占区，正在帮癌细胞干活！” 这是癌细胞转移战中经常...
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「r<-包」使用 sigminer 进行突变模式分析突变模式分析（Mutational Signature Analysis）已经逐步成为变异检测后一个通用分析，这篇文章简单介绍如何使用 sigminer 进行突变模式分析，以...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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R-热图-pheatmappheatmap是绘制热图的经典R包。其中一些细节参数设置，之前每次遇到都是网上搜索。这次系统整理下常用用法，为以后绘图提供方便。 0、示例数据与R包加载 （1）模拟示例数据...
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KM生存分析这个系列从2022年开始，一直更新使用R语言分析数据及绘制精美图形。小杜的生信笔记主要分享小杜学习日常！如果，你对此感兴趣可以加入该系列的学习。 最终图形 本期图形代码 数据...
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单细胞转录组学习笔记-16-用Scater包分析文章数据
刘小泽写于19.8.20-第三单元第九讲：使用Scater包笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm...
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基因相关性的计算在单细胞转录组解析肥厚性心肌病发病机制[https://www.jianshu.com/p/f270b9431427]里面看到计算某基因与其它基因的相关性 方法里写的是这样做...
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空间聚类算法BayesSpace空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时，全面测量转录组图谱。然而，现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。BayesSpace是一种完全贝叶斯统...
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Scanpy可视化函数汇总Scanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...
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hdWGCNA系列推文（三）：分析空间转录组数据前言 Immugent在hdWGCNA系列推文第一篇：hdWGCNA：将单细胞和空间转录组的WGCNA分析变成现实[https://mp.weixin.qq.com/s?__...
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monocle实操+细胞功能富集分析monocle实操 1 软件安装 1.1 conda安装——Linux https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-monocle[...
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【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway 注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的 注释(s...
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Monocle拟时间分析Monocle可以进行下面三种类型的分析，可以与seurat无缝连接： 1 对细胞进行聚类、分组和计算；2.进行拟时间分析；3.差异表达分析； 2.Constructing ...
