先收藏下，数学不好的我，还要再看看 谱聚类（spectral clustering）是广泛使用的聚类算法，比起传统的K-Means算法，谱聚类对数据分布的适应性更强，聚类效果...
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谱聚类 -
R语言_par()函数用法
前言:微博参与话题 #给你四年时间你也学不会生信# 转载自：R语言做图plot参数更多参考：R语言中plot()函数里的6种边框R中设置图形参数--函数par()详解 图形参...
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WGCNA实例分析及解读（附代码）WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...
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WGCNA
加权基因共表达网络资料集锦： 1.https://mp.weixin.qq.com/s/LvlBt_gCLEyxrpGkKkkIZA 写在前面：大家黏贴复制代码的时候一定注意...
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R数据格式转换刘小泽写于2018.8.27-28我们日常使用R一般不会使用它的编程工作（即写R包的任务），许许多多的的生信函数、统计软件也都是现成的，我们要做的最繁琐、最耗时的工作就是对数...
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数据框data.frame----行名/列名
假设有三组数据： weight = c(150, 135, 210, 140)height = c(65, 61, 70, 65)gender = c("Fe","Fe","...
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单细胞转录组学习笔记-10-乳腺癌领域之PAM50分类刘小泽写于19.7.8-第二单元第八讲：乳腺癌领域之PAM50分类笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:/...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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【r<-差异分析】当使用limma时，它在比较什么
差异分析流程示例与资料 基因芯片的差异表达分析主要有 构建基因表达矩阵、构建实验设计矩阵、构建对比模型（对比矩阵）、线性模型拟合、贝叶斯检验和生成结果报表 六个关键步骤。 下...
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5分钟看懂KEGG代谢通路图
做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。 KEG...
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单细胞转录组学习笔记-8-聚类算法之PCA与tSNE刘小泽写于19.7.5-第二单元第六讲：聚类算法之PCA与tSNE 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:...
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请问，是哪篇推文
ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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离散和连续
离散和连续的概念 属性的几种类型 1.标称属性： 即与名称有关，标称属性的值是一些符号或事物的名称。每个取值代表某种类别、或状态。 举个例子：对于人的头发颜色这个属性可能...
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大数据的读取
大数据的读取 因为从Xena上下载的甲基化数据太大，在读取时遇到点麻烦，特定查了下有没有什么方法可以只读取一部分，整理如下 大家有什么好的方法，敬请告知~ SCANscan读...
