什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了! -
binmap-123原网址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
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R数据分析：用lme4包拟合线性和非线性混合效应模型
快一个月没更新文章啦，今天收到好几个粉丝的催更私信，好的吧，实在对不住大家期待的眼神，看样子不能再拖啦，想想写啥好呢，大家咨询比较多的，混合模型算一个，今天就继续给大家写写混...
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2020-05-10 dplyr包中的distinct()函数
dplyr包中distinct()函数与base包中的unique()函数比较类似，不同的是unique()是一个泛型函数，可以针对向量、矩阵、数组、数据框甚至列表这五种数据...
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GATK - Read groups
运行GATK时，报错：java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty这个问题在GATK Forum有...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 点击此处 查看最新版本 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 ref.fa rea...
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2022-03-10使用fastp进行数据过滤的参数说明fastp是啥？ 它是一个针对FsastQ文件的数据过滤软件，“快”所以取名有fast，这个软件是用C++语言写的，支持多线程。就是rawdata到cleandata的过程需...
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FastQC的基本介绍FastQC的基本介绍: FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babrah...
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卡方检验分子标记是否符合孟德尔遗传定律
在做遗传学时，难免会检验分离群体是否符合孟德尔遗传定律，比如3:1，1:1，1:2:1等。一般都会用卡方检验，大学时期的所学内容，但是后面逐渐忘记。。。。。 卡方(Chi-s...
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GWAS 数据格式说明全基因组关联分析（GWAS）大家都不陌生，今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式： 1. HapMap格式，这也是当...
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转变Genotype数据格式（Hapmap，Plink ，VCF ，Haplotype， Numeric ， BLUPF90 格式的相互转化）主要使用blupADC[https://qsmei.netlify.app/zh/post/2021-04-21-r-package-rblupadc-overview/ov...
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方差分析（ANOVA)原理及其实现
诸如t-test, one-way anova, two-way anova等统计学差异显著性分析在生物实验中非常常见。这些分析手段的计算公式对于搞生物的人来说还是比较复杂的...
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GWAS理论 1-3 群体结构与亲缘关系评估一. 群体结构评估 1.群体结构 群体结构评估内容构建系统发育树群体结构分析PCA（主成分分析） a.系统发育树 一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就...
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samtools的安装和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...
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R---plot()参数详解plot是R中的基本画图工具，直接plot(x)，x为一个数据集，就能画出图。细节往往制胜的关键，所以就详细来看下plot的所有可设置参数及参数设置方法。 下面讲到的图形参数...
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R语言ggplot2画图展示多变量两两之间相关系数今天的推文介绍一下下图的实现方法 用到的数据集是小麦种子的数据集，实验室测量了3个品种的小麦种子7个指标，探究是否可以根据这些指标来区分小麦种子的品种，这7个指标分别是 A ...
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