ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因...
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使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释 -
基于图形泛基因组的Reads比对的审阅与可视化最近研究中遇到个问题，就是翻来覆去似乎并没有找到类似IGV那种看read比对的基于图型泛基因组的基因组浏览器emmm。。 因此，我们决定，自己做一个！VAG诞生了效果如下an...
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GWAS位点简单进行峰拆分输出QTNs并基于GFF关联基因
来自rMVP的关联后的数据；峰拆分输出QTNsgetposQTNs.py 基于GFF关联基因，以水稻RAP注释为例（locus.gff文件；https://rapdb.dna...
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Python根据注释表实现基于超几何分布的Go/KEGG, enrichment分析拿着一个DEGs的list和基因functional annotation竟然没有找到简单的脚本一健生成Go或者Kegg的富集结果,啊这！（可能是我懒得找吧） 有需求就自己写...
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无需深度学习框架，如何从零开始用Python构建神经网络
这是一份用于理解深度学习内部运作方式的初学者指南。作者根据自己从零开始学习用 Python 构建神经网络的经验，编写了一份攻略。内容涵盖神经网络定义、损失函数、前向传播、反向...
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为了研究性行为，奇葩科学家都做了哪些实验？
性行为，一种私密又让人充满好奇的行为。在我们观察研究这个世界的时候，这个课题又怎能不引起科学家们的好奇与探索？ 在《疯狂实验史》这本书中，作者就记录了科学家们对于这个课题所做...
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超简单python脚本实现Selenium+Xpath框架下批量自动通过文章名字识别文章类型并下载(还有不靠谱的机读)在这个不平凡的2020的最后几天，林小姐的Group project分工分到了对155篇文章进行是否是RCT（Randomized Controlled Trial）研究的判...
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儿童节礼物！常用水稻数据库及生信在线平台总结儿童节嘛，就稍微用我与儿童一致的粗浅学识总结一下 水稻表达谱数据库1 efp(非常全面)：http://bar.utoronto.ca/efp_rice/cgi-bin/ef...
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画一棵属于你的小樱花吧！一键画出生成一株属于你的小樱花 下载地址：https://github.com/lipingfangs/drawyourlittletree（主页面点击clone or do...
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没啊我写的这个就是生成矩阵的代码 要用resfinder.py生成的result做原材料 用这个脚本生产矩阵
超简单python脚本实现从resfinder+blast下机数据到csv抗性基因矩阵
今天还是在做张阿姨的项目，还是那100多个菌，她说要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名与权威的的细菌抗性基因库自然肯定是resfinder了。 写个循环，刷刷弄完真开心...
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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超简单python脚本实现从resfinder+blast下机数据到csv抗性基因矩阵今天还是在做张阿姨的项目，还是那100多个菌，她说要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名与权威的的细菌抗性基因库自然肯定是resfinder了。 写个循环，刷刷弄完真开心...
