00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
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R脚本-生成密度分布表格
在组学分析中，我们常常会看到曼哈顿图，密度分布图，bin图等，之前我以为ggplot2画density plot的数据处理格式和SNP密度一样，后来发现不是那么麻烦。或许是搜...
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2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jianshu.com/p/938d362fc48d]如何利用重测...
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献给写作者的 Markdown 新手指南「简书」作为一款「写作软件」在诞生之初就支持了 Markdown，Markdown 是一种「电子邮件」风格的「标记语言」，我们强烈推荐所有写作者学习和掌握该语言。为什么？可以...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服务搭建blast服务 使用Apache2 rewrite 重定向主页 sequenceserver 界面更为美观的blast网页应用 使用 apache2设置访问密码
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使用pfam-scan进行预测一、 安装 使用conda安装Pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令安装： 数据库下...
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Pfam安装与使用一：下载安装 Pfam软件下载地址下载对应数据地址下载三个：Pfam-A.hmm.dat.gzPfam-A.hmm.gzactive_site.dat.gz最新版的Pfam数...
