生信虐我系列之--几个必备小程序：这个程序可以根据提供的 SNP位点信息，以及参考注释信息对 SNP 位点突变前后的 氨基酸 进行比较。 ** 修改了部分代码，重新设计了 S...
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生物信息必备技能 -- 查找 SNP 突变后的氨基酸
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基于ImageJ进行自动细胞计数捣鼓了半天的自动细胞计数，常用程序为ImageJ，本着我干了工作就要有记录的精神，记录一下的全部流程，ImageJ的下载地址为：Downloads (imagej.net)[...
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2022-07-15 R语言数据标准化笔记
需要对一个dataframe中的单独一列进行标准化，看看如何用R语言实现吧： 1. 所以如果打算使用max-min法 2. z-score数据标准化（所有项减去平均数，然后除...
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linkET 简单教程之前写了一篇文章mantel test 简单教程 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/c09376a5082c]但是最后...
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mantel test 简单教程由于论文问题，这里重做了mantel test，所以记录一下完整的重做过程。首先是运行语言，这路选择R语言作为计算语言。 1 package ggcor作者删除了账号，不知...
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最常用的m8格式，我记得是在blast时用 ‘-outfmt 6‘
2022-03-18 python pandas 处理megan中blast2lca的结果统计
首先介绍一下megan中的blast2lca工具，这里主要作用是使用NCBI-blast或diamond与NCBI-nr库进行比对后，将比对结果通过lca算法运行，得到最大可...
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文献精读：一种临床上重要的质粒传播抗生素抗性基因 （β-内酰胺酶 TEM-116），存在于沙漠土壤中
期刊：Science of the Total EnvironmentDOI：10.1016/j.scitotenv.2020.137497 题目：A clinically ...
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hmmer 简明教程在工作中，遇见了很多需要使用的hmmer的内容，但是发现中文内容中没有太多良好完整的教程，这里考虑按照官方的Userguide的顺序简要的写一下hmmer的主要功能： hmm...
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相关性分析-spearman相关性
最近在用R最相关性分析，主要考虑到宏基因组丰度数据和环境因子之间的关系，这里做一下记录 pearson相关系数：适用于连续性变量，且变量服从正态分布的情况，为参数性的相关系数...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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2022-03-18 python pandas 处理megan中blast2lca的结果统计
首先介绍一下megan中的blast2lca工具，这里主要作用是使用NCBI-blast或diamond与NCBI-nr库进行比对后，将比对结果通过lca算法运行，得到最大可...
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2021-12-17 数据标准化学习记录
转载于：数据标准化和归一化 - subsir - 博客园 (cnblogs.com)[https://www.cnblogs.com/subsir/articles/4761...
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2020-10-11生信的Python语言程序设计基础笔记（1）
在学习python的过程中，希望能以笔记的方式记录下每天所学的内容以及我认为的重点。因为学习也进行到一半，所以笔记是从中途开始记录的，希望以后能通过笔记记清楚之前的内容。 一...
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Blast本地化快速上手教程
（*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih...
