复制该代码到本地后，重命名为generate_mutated_sequences.py，并在本地运行： 即可得到每个突变蛋白质的序列，及所有突变体序列的整合，且每个突变体的I...
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分享一个“批量点突蛋白质并输出每个突变体的序列文件”python小代码
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PyMol插件NRGSuite-Qt的安装及用法NRGSuite-Qt是一个基于 PyMOL 的插件，旨在为分子对接、虚拟筛选、蛋白质建模和正常模态分析提供一个综合工具包。它由蒙特利尔大学 Najmanovich 研究小组...
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PyMol3.0.3的安装PyMOL 是一款广泛用于分子可视化和结构生物学的开源软件，主要用于展示和分析蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构。它由 Warren Lyford DeLano 开发，现由 ...
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文献精读 | Food Chem. 海南大叶种红茶挥发性化合物的动态变化与香气形成研究
摘要 海南大叶种红茶（Hainan Dayezhong Black Tea, HDBT）是一种产自中国海南岛的特色红茶，其迷人香气是吸引消费者的核心要素。这项研究利用气相色谱...
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Rosetta全面使用指南 (Windows)
目录 简介 安装准备 安装与配置 基础功能 核心应用程序Structure Prediction (结构预测)Protein Design (蛋白质设计)Docking (分...
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通过DLKcat实现酶促反应中kcat值的预测DLKcat是一个基于深度学习的计算工具，用于预测酶促反应的turnover number (kcat)值。这是一个由查尔姆斯理工大学系统生物学团队开发的开源项目，旨在解决酶...
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Food Chem. 揭示茶树三萜皂苷的结构多样性与空间分布：基于高分辨率质谱和质谱成像的创新研究近日，福建农林大学海峡联合研究院俞晓敏教授团队的研究成果《Triterpenoid saponins in tea plants: A spatial and metabol...
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ACS Catal. 一种新型乙醛脱氢酶的耐热性和活性的同步工程优化这篇论文的题目为《Simultaneous Engineering of the Thermostability and Activity of a Novel Aldehy...
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python指定版本创建虚拟环境
什么是虚拟环境？虚拟环境是一种用于隔离不同 Python 项目所需依赖的机制。它允许我们在同一台机器上同时安装和管理多个 Python 版本，以及每个版本所需的包。通过使用虚...
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Food Chem. 磷脂酶D的理性设计：提高热稳定性和催化活性，以实现高效的生物催化磷脂酰丝氨酸合成01.摘要 磷脂酶D（PLD）是一种重要的酶，广泛应用于磷脂衍生物的合成，尤其是磷脂酰丝氨酸（PS）的酶促合成。然而，PLD的广泛应用受到其低稳定性和催化活性的限制。为了克服...
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Zotero部署Deepseek，实现高效阅读文献（内附满血版Deepseek体验）自从Deepseek大爆后，瞬时掀起了一片AI潮，今天分享一下借助Deepseek通过Zotero高效阅读文献，事半功倍！ 开始之前，需要自行安装最新版本Zotero 7.0...
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Gromacs计算蛋白小分子复合物中蛋白-配体的相互作用能本文参考“Gromacs官方手册-李继存老师翻译版”。 GROMACS 可以计算任何已定义原子组之间的短程非键相互作用能。需要注意的是，这个量既不是自由能，也不是结合能。事实...
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Windows下利用ORCA结合Multiwfn方法计算配体原子电荷本文参考Sob老师的blog：http://sobereva.com/476[http://sobereva.com/476]。诚然，要做分子动力学模拟，但没买Gaussia...
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AutoDock Vina分子对接全步骤一.蛋白大分子的格式转化 在进行Autodock Vina分析前，我们需要对蛋白分子的格式进行转化，需要将.pdb格式转化为.pdbqt。这里通过Autodock tools...
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DuIvyTools可视化Gromacs分析结果常用命令
dit xvg_show -f rmsd.xvg -xs 1000 -x "Time (ps)" 可视化.xvg图片，并将横轴改为ps为单位dit xvg_show -f ...
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ImageJ测定灰度值1.1.1 打开 image J； 1.1.2 打开需要分析的图片：“file- open- 找到图片”； 1.1.3 图片转换为灰度图 1.1.4 将图片背景灰度统一：“p...
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Gromacs-蛋白小分子复合物分子动力学模拟实战（包括软件安装）最近在做蛋白与小分子复合物的动力学模拟，学习了Gromacs的用法，以此记录一下。这里贴出Gromacs的官方文档http://www.mdtutorials.com/gmx...
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Pymol绘制受体与配体相互作用图主要命令color wheat, lig&name C* 将配体C原子设置为小麦色color smudge, !lig&name C* 设置除配体外C原子的颜色hide label...
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