htseq-count计数的相关内容前面在不同的学习阶段写过两次，分别是合并htseq-count的结果得到count matrix和htseq-count的一个坑，其中第二...
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mRNA-seq学习（三）：htseq-count计数 -
【生信】格式转换：转成bed及bed12格式
基因组注释gtf文件或bed6文件转bed12文件 上一篇详细介绍了bed格式，尤其清楚的解释了bed格式中的最后三列，这三列对于理解bed12格式转换至关重要。 本文主要介...
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Stringtie的使用说明
参考文献：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads帮助文...
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这可能是我见过的最全的R需要学习的推送了。
https://paulvanderlaken.com/2017/08/10/r-resources-cheatsheets-tutorials-books/
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第一次使用R爬取自己所需要的数据打开网站 http://rice.hzau.edu.cn/rice/clone/list.php?page=1&searchword= 1、找规律—— page1的链接是这样...
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一个经常会有些小脚本操作代码的网站-ecseq之脚本收集http://www.ecseq.com/support/ 干货很多，收了不看系列就不好了 1、Convert BAM to BED file format using co...
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remedy：让你的 Rstudio 更好的进行 Markdown 写作哈哈，这当然也是 twitter 看到 ，我就是搬运工，这么棒的功能不能自己独享。 https://twitter.com/dataandme/status/11616844...
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关于 dplyr 1.0.0 出来后我想分享的一些东西于 2020-05-29 那天，期盼已久的 dplyr 1.0.0 终于出来了（emm，鸽了半个月）。 dplyr 在出 1.0.0 版本之前不久，于 hadely 在 tw...
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Gitbook教程（小白入坑gitbook全过程）
# 前言 最近想找一个记笔记的软件，试了几款都觉得差点意思，后来看到别人用gitbook写的笔记就想试试，接触以后发现很多大佬讲的其实不适合我这种啥都不懂的人，于是我就想自己...
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【ComplexHeatmap包学习笔记】2.5 Seriation从学习用OncoPrint画基因组突变的“瀑布图”，发现顾博士创造的ComplexHeatmap是非常强大的一个包。 顾博士在他的GitHub上展示了这个强大的包在分析基因组...
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关键基因和hub基因（生物网络角度）写在前面 这篇文章仍然来自几篇文章及自己平时的积累，主要阐述关键基因和hub基因。很多人误以为hub基因就是关键基因，甚至有人认为差异表达基因就是关键基因。在正式看本文章之前...
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2020-10-20 校正单细胞数据的批次效应及原理
推荐一篇博文:https://towardsdatascience.com/how-to-batch-correct-single-cell-7bad210c7ae1[htt...
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学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。 那么问题来了，在...
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AI 如何编辑单细胞热图呢参考： 生信类捕获信号peak图的美化进阶之路IGV 修图过程 如下图所示： 使用pheatmap 获得每一个细胞reads 分布情况，我们常常保存为pdf. 但是我感觉蓝色...
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2020-10-01 jupyter lab 报 kernel error错误的解决办法描述： 进入jupyter-lab后提示kernel不存在，同时自己想要选择的kernel没有 原因： "scenic protocol"这个环境已经被我删除了，重新创建了一...
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2020-09-29 使用Alevin实现【输入】fastq→【输出】umi count matrix首先要知道alevin属于salmon的一个工具，用于定量单细胞转录本，使用的比对方式是类似于kallisto的pseudo align，即不将reads比对到基因组上，该算...
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DoubletFinder
相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Ce...
