将创建对象的过程记录 比较有用的代码就是 参考 Seurat 4.0 | 单细胞转录组数据整合(scRNA-seq integration)[https://zhuanlan...
发简信
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2024-04-08-创建单细胞对象 -
不常上线，有事可以找@547的小书童呀
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We'll do whatever just to stay alive.
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cellphoneDB呕心沥血下载安装教程
我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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2023-09-13-SCENIC 踩坑全记录-第一篇下载数据： 1. 网站地址: https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/old/[https://resource...
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2023-09-11 如何用R语言读取gtf文件 （RStudio）1.将 gtf 文件下载好之后上传到RStudio-Server。 或者在自己的电脑上就直接读取就行。gtf 如图所示我下载的是v43版本的基因组注释文件，现在最新版应该已经...
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2023-Linux系统下Conda Miniconda 安装以及最新的镜像源汇总之前用了一段时间简书，发现广告巨多，之后便很久没有用过了，现在来记录一个东西。首先推荐一个插件：Adblock Plus 现在进入正题 一、Miniconda 首先记录我安装...
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2023-07-14 将文献中复制的内容去除换行符变成一行方便阅读1.前言 已经发表的文献常常为了方便阅读， 排版的时候经常会在一页就变成两栏，这在我们想翻译的过程中是非常不方便的。因为我百度了一个方法并亲身实践有效，因此记录一下。 1.首...
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2023-05-23-写个函数 一键完成细胞亚群提取及Harmony分析
1.写个函数 2.具体用法 这里只针对细胞亚群分析好后，需要对其中的某一亚群进行细致分析。例如成纤维细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、髓系细胞等等。 2.1 首先将上面的函数保存成一...
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2023-05-21-单细胞 KEGG选取特定通路的基因集做GSVA分析事先声明，这是随笔，着重记录思路、踩坑以及解决过程，以记录自己的学习和之后可能需要复现。 首先推荐阅读几篇教程，以了解需要做什么： Pathway通路与GSEA基因集有何区别...
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2023-05-21-scRNA之GSVA SCORE的热图形式展现(GSVA可视化，pheatmap，癌症通路)对于热图，之前有画过，但当时对于繁多的arguements了解的不是很清楚，但是今天在微信公众号上找到了一篇真正的保姆级教程，讲的非常的详细！！！然后自己做了一点补充与拓展，...
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单细胞富集分析-一网打尽(GO.KEGG.GSVA.GSEA)这里记录一下自己对单细胞对象做富集分析时的过程以及所用的代码，以免下次重头再找，非常麻烦。 参考文献：单细胞各个亚群基因按照平均表达量排序后gsea分析 (qq.com)[h...
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两组 单因素 多样本 箱式图+带星标 的 显著性检验推荐用到的教程： 官方教程：ggpubr-ggboxplot[https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/ggboxplot.h...
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R语言：reshape2-长宽格式转换之melt()和dcast()函数
1.前言 melt() 是 reshape2包中的一个函数，它用于将数据框从“宽格式（wide format）”转换为“长格式（long format）”。 宽格式指的是一列...
