叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自己的重复过程： 论文：comp...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
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让坚持成为习惯
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七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）一. 简介 叶绿体是绿色植物，藻类和蓝细菌进行光合作用的场所，光合作用将水和二氧化碳转变为有机化合物并放出氧气。叶绿体所携带遗传物质DNA，以原核细胞的编码方式转录合成一些自...
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叶绿体边界作图软件IRscope的本地化前期软件准备 一、R的安装 依据自己的系统安装对应版本的R，我用的是windows系统。R安装包镜像网站：The Comprehensive R Archive Networ...
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mVISTA 多序列比对叶绿体基因组mVISTA[http://genome.lbl.gov/vista/mvista/about.shtml]可对2个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。 详...
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叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle： 1.2 GetOrganel...
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REPuter注释叶绿体重复序列REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPu...
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项目文章 | 乌头属植物的叶绿体比较基因组分析近期，上海元莘生物合作客户在“Frontiers in Genetics”（IF 4.599）发表一篇“Comparative Analysis of theChloropl...
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一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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绿色荧光蛋白（Green fluorescent protein，GFP）
1. 绿色荧光蛋白（GFP）发展 GFP是一种能够自身催化形成生色团并在蓝光或紫外光激发而发出绿色荧光的蛋白。1962年，下村修等人在维多利亚管状水母中第一次发现并提取出了绿...
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GFP,一个装在病毒上的GPS,见证病毒在植物体内的复制与传播GFP，绿色荧光蛋白(GreenFluorescent Protein，简称GFP）是一种在美国西北海岸所盛产的水母中所发现的一种蛋白质。GFP是由238氨基酸组成的单体蛋白...
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iTOL | 进化树在线制作美化工具一、基本操作 1. 使用界面 可以注册后使用，点击upload即可上传树文件 2. 基本操作 右侧controls负责对进化树进行修改： basic：主要负责修改树的造型、分...
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服务器建树
第一步 创建环境，接下来的软件均安装在此处conda create -n tree conda activate tree安装多序列比对软件conda install -c ...
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在线网站构建最大似然法系统发育树我从多灾多难的2020年的11月开始正式学习构建系统发育树，拖拖拉拉地学到12月。星座运势告诉我：“你想掌握地大部分技能都可以通过持续地坚持来获得。”我心想：信了你的邪。 下...
