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Linux磁盘空间释放问题
问题说明 云主机里的一台服务器的/分区使用率爆满了！已达到100%！经查看发现有个文件过大（80G），于是在跟有关同事确认后rm -f果断删除该文件。但是发现删除该文件后，/...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议——原创：雷万钧 问题起因： 首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题： 在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam 却发现有很好的r...
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将...
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GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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NGS分析手把手教学：全基因组分析GATK4管道教程详解(有完整代码)⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。 目录 前言1.分析环境的配置2.数据准备3.QC处理4.Index和Mapping5.Variant Call...
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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2020-06-29 GTAK4 从小白到跑通一个best practice pipeline—— 从一无所知到前期工作准备妥当的整个学习路径，涉及到多篇文档，算是一篇流水账(在gatk4网站的文档海洋中漫游真的会被呛死...) 前言：最开始当然是想越快跑起来越好，跳...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
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生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里...
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生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081...
