请问你解决这个问题了吗？我看有人说是基因太多的原因
从头预测基因-GlimmerHMM官网手册戳这里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)进行基因预测，GlimmerHMM把一个基因看做几种特征...
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请问您找到方法直接获取exon_file了吗？
从头预测基因-GlimmerHMM
官网手册戳这里 GlimmerHMM是基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)进行基因预测，GlimmerHMM把一个基因看做几种特征...
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@捡羊毛的咩 这个我也没解决，我换annovar注释了就可以
如何使用snpEff创建本地数据库
snpEff的使用是在Linux系统中Java运行环境下。 一、下载snpEff 方法一： 直接在家目录下载使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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求出教程+1
biomod2介绍与正确安装
biomod2提供了运行多达10种物种分布模拟模型，以模拟特定物种与其环境之间的关系，试图利用环境变量（温度、降水......）来定义一个特定物种的生态位。例如，在气候和土地...
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楼主您好，请问想提取某一时间段的数据应该如何写呢？
R语言读取NC格式数据
数据准备 国家地球系统科学数据中心下载的全国逐月最低气温数据集，每3年数据共36个月的最低气温数据保存在一个nc文件中，现在想要将数据导出为逐月栅格数据，以15-17年数据为...
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自制鸟类系统发育树图解(含照片、中文名)，目(Order)水平经常需要查看系统发育关系，但是一直没找到好图，就自己做了一个。 树及环状树图参考：Mega-evolutionary dynamics of the adaptive rad...
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@bioin 它没有error，有两个警告：No protein coding transcript has UTR and No mitochondrion chromosome found，我不知道这两个警告应该如何处理。
snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？
问题一：各区域注释之和大于变异总数？ snpEff的结果很简单，但常常遇到如下问题。我的SNP总数： 但是，注释的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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@bioin 请问您知道在构建数据的时候跑了好几天但是没有任何结果是什么情况吗，也没有报错，log文件记录在stage 2使后就停止了。我有点怀疑是我gff文件格式的问题，但是我目前没有找到标准的格式，在ncbi下载的gff文件跟自己的格式基本上没啥差别。
snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？
问题一：各区域注释之和大于变异总数？ snpEff的结果很简单，但常常遇到如下问题。我的SNP总数： 但是，注释的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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您好，请问您数据库构建成功了吗？我跑了4天都还在运行，但是又没有什么错误报告。
SnpEff--有参考基因组--SNP注释--找非同义突变
一、使用到的软件：SnpEff下载命令:wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_cor...
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您好，请问您的数据库是自己构建的吗？
snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？
问题一：各区域注释之和大于变异总数？ snpEff的结果很简单，但常常遇到如下问题。我的SNP总数： 但是，注释的exon、intron和intergenic之和2,278,...
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@杨康yang 好的，谢谢老师
种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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您好，我在使用easySFS时添加-a参数发生错误，但是不使用-a参数就没有问题，-a参数是计算每个位点的所有SNP，不知道为什么会出现这样的情况，琢磨了好几天也没解决这个问题。具体输出为：File "/home/ca/miniconda3/easySFS/easySFS.py", line 295,in<listcomp> pop_genotypes=[row[x].split(":")[0] for x in pops[pop]] AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'split'
不知道是哪里出了问题，期待您的解答，非常感谢。位点频谱(SFS)计算
1. 什么是位点频谱(site frequency spectrum)? 位点频谱也叫等位基因频谱(allele frequency spectrum)是群体遗传学的术语，用...
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@c41403623677 您好。请问你建库成功了吗？我用服务器跑了3天也没有结果，依旧显示在运行，但是log文件却没有在记录了。
如何使用snpEff创建本地数据库
snpEff的使用是在Linux系统中Java运行环境下。 一、下载snpEff 方法一： 直接在家目录下载使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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您好，请问您遇到过"java.lang.RuntimeException: File not found 'path/to/genes.gff' "这样的问题吗？
如何使用snpEff创建本地数据库
snpEff的使用是在Linux系统中Java运行环境下。 一、下载snpEff 方法一： 直接在家目录下载使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
