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  • 请问我跑roary时出现这样的错误:MSG: Got a sequence without letters. Could not guess alphabet。我通过排除法知道是哪一个基因组导致了这个错误,但是我检查了fasta文件该基因组没有问题,请问是什么原因该怎么解决呢

    核心基因提取:prokka、roary和TBtools的联合运用

    首先,下载好基因组的完成图(自己的也行,只要确保测序质量够好),先用prokka注释完获得*.gff文件(批量可以参考我之前的文章用autoprokka执行),将gff文件放...

  • @小白菜学生信 好滴,谢谢你,但是roary太慢了😂

    BPGA分析细菌泛基因组

    导读 BPGA是Bacterial Pan Genome Analysis tool的简写,16年发表的工具,17年最后一版更新,内置KEGG COG数据(老了),依赖use...

  • 博主你好,我的113个全基因组数据用BPGA可以正常运行,但是当数量多时(200多个),会报错提示:Illegal division by zero at /home/ylf/pangenome_tool/BPGA-1.3-linux-x86_64-0-0-0/BPGA-Version-1.3/lib/std/cavaexecscript/BPGA-Version-1.3.pl line 479, <FH2> line 4.
    请问怎么解决呢

    10-【BPGA】的安装和使用

    安装时间:2021.2.17 1. 简介 BPGA是一款快速的泛基因组分析软件。似乎好像在windows上安装较为方便。在Linux下没有conda安装版本,只能手动进行安装...

  • 博主你好,全基因组数量少时(几十个),我的BPGA可以正常运行,但是当数量多时(200多个),会报错提示:Illegal division by zero at /home/ylf/pangenome_tool/BPGA-1.3-linux-x86_64-0-0-0/BPGA-Version-1.3/lib/std/cavaexecscript/BPGA-Version-1.3.pl line 479, <FH2> line 4.
    请问怎么解决呢

    BPGA分析细菌泛基因组

    导读 BPGA是Bacterial Pan Genome Analysis tool的简写,16年发表的工具,17年最后一版更新,内置KEGG COG数据(老了),依赖use...

  • @大坏蛋HYB 好的谢谢你,这个我解决了,但是我的输出文件里只有faa、fna、log和hmmer文件,没有gff和其他文件是为什么呢

    autoprokka:使用prokka批量注释

    autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释,自动按照输入文件名去命名输出文件,并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果,.gff...

  • 你好,修改第82行是直接执行subprocess.call命令吗?为什么我执行后显示command not found

    autoprokka:使用prokka批量注释

    autoprokka.py这个Python脚本可以方便地批量地使用prokka去进行注释,自动按照输入文件名去命名输出文件,并且每个样本单独一个文件夹存放注释后结果,.gff...