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R代码合并TCGA数据库中DNA甲基化数据前面小编给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据，体细胞突变数据以及DNA甲基化数据 ☞ 新...
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单细胞多组学技术——单细胞转录组+染色质可及性测序全流程解析
随着单细胞测序技术的发展，各种多组学技术都被逐渐引入到这一大家庭中来。上一期我们给大家介绍了单细胞转录组+表面蛋白测序技术，本期我们将聚焦另一种多组学技术——单细胞转录组+染...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 来源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已经简单学习了测序raw counts的FPKM标准化[https://www.jianshu.com/p/302300b7d782]，接下来就一个实际例子，利用R语言手...
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单细胞转录组测序分析--初探Seurat单细胞转录组测序--闲言碎语 时代发展的步伐总是毫不留情的将你甩在身后，连车尾灯都看不见。当你还在沉迷于普通转录组数据挖掘时，已经有人悄悄的搞上单细胞了。单细胞转录组测序，顾...
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名词解释：测序深度&RPKM、FKPM、TPM
测序深度(Sequencing Depth) 相当于测了几遍； 指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标之一； 如：测序产生了1000...
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生信综述？带你解锁高分单细胞发文骚操作！
说在前面 我们都知道在科研论文中有两大类：一类是研究型论文；另一类是综述型论文。其中，前者主要是以研究为主的行文思路，根据研究发现的不同发表在不同级别的杂志上；而后者多是本身...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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10×单细胞测序分析练习（一）目前单细胞测序获取细胞的方法主要有两种：（1）Smart-seq：测序细胞量少(因为一次通过一个细胞)，但是测序的reads数多；（2）Drop-seq(10X )：可以测许...
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（一文读懂scRNA-Seq）到底要花多久时间才能看懂一套单细胞测序数据结果？先说我的态度。 最快的捷径就是没有捷径，踏踏实实搞学问 我一直相信慢工出细活（当然我写推文都不怎么想回头检查错别字），要学习什么东西，稳扎稳打才是最快的捷径，不求甚解要建立在...
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单细胞测序分析: Seurat 使用教程原文见Seurat - Guided Clustering Tutorial, Compiled: April 17, 2020 #1 Seurat安装 #2 数据下载 Pe...
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一、二、三、四代测序技术原理详解
测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
