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【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录记录下braker2的使用要点，以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：ht...
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使用BRAKER2进行基因组注释
使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质...
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braker2注释流程
一： 软件安装 由于BRAKER2: 依赖AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCBI BLAST+ 2.2.31...
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QQ：28720864
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全网同名
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生信log22|CGviewer升级啦-交互式操作画基因组Circos圈图（使用和评价）用Circos华丽地展现基因组信息，能给论文的锦上添花。很多做基因组分析的文章必有一个点就是展示基因组的圈图，目前的去比较好实现这种可视化的一般依靠perl语言（最原始的版本...
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EVM 对预测结果进行整合
从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM) 可以对上述结果进整合 软件安装 使用流程 所需数据 gene_predictio...
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使用TEclass对TE一致性序列进行分类软件安装 软件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass这个软件已经许...
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「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列
RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 使用方法 以拟南芥的参考基因组为例，假设基因组的名字...
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给装不上PASA的人的一剂良药
笔者试了几天，死活装不上PASA，几乎绝望了，幸好在PASA的官网上发现可以用docker来安装，太高兴了。貌似国内没有教程，写一下吧。官方链接在此[https://gith...
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基于PASA进行基因预测
PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
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利用MITE-Hunter鉴别基因组MITE序列一：安装依赖软件 NCBI BLAST（是blast不是blast+哦）下载地址： https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executable...
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非模式生物重复序列注释 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安装RepeatModeler2,RepeatMasker4建议直接去官网下载，解压安装。同时安装其他包。安装流程这里不详细介绍了，网上有很多。 假设现在已经安装完毕，并...
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「基因组注释」MITE-Hunter鉴别基因组的MITE序列背景篇 MITE属于II类非自主转座因子，并且在真核生物中存在大量的拷贝。 MITE长度大约是500bp，并且扩增速度非常快。2013年一篇发表在NAR的文章"P-MITE:...
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不做无条件咨询，见谅
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TRF (Tandem Repeat Finder) 搜寻串联重复序列官网：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html[http://tandem.bu.edu/trf/trf.html] 一、安装 conda一键安装 ...
