选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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选择压力分析，从序列下载到结果绘图 -
选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...
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基因选择压力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大规模计算，更快更准！写在前面 来来去去，这个主题相关的，我已经写过很多个推文，甚至还包括与Raindy（福建农林高芳銮老师）合作开发和发表了 EasyCodeML。只能说，确实是一个相对常见但似...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程
介绍 OrthoFinder 是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)，推断所有正交群的有根基因树，...
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有参转录组实战7-基因序列提取#本教程仿自于“https://zhuanlan.zhihu.com/p/439168788”。#正则表达式教程https://www.runoob.com/regexp/r...
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对转录组测序数据进行分析以及注释
随着二代测序技术的高速发展，人们获得了大量的转录组数据序列如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键，对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要...
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转录组重建系统发育（二）使用Trinity对cleandata进行组装在处理完rawdata（参考上一文章）转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理[https://www.jianshu.com/p/720ae2c45e...
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转录组重建系统发育（四）使用cdhit去冗余和使用transdecoder进行ORF预测
1.cd-hit的安装和使用 cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析...
