值得一提的是CNVkit设计的出发点是可以针对hybridization原理的NGS数据进行分析,把on-target和off-target区域分开来考虑。但是我们的目标是W...

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已找到组织,陈老师可以忽略这条评论!不好意思,打扰了!
WGDI | 比较基因组分析神器,要啥有啥!写在前面 Emmm,前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息,大体意思“快更新!”。原本,我和小王子商量的是一周一更...
陈老师,孙老师,你们好!请教一下,如果我想用Ks的峰值去推算两个亲缘关系很近的不同物种的分化时间,也就是Ks的峰值特别接近于0,要怎么才能得到相对准确呢?因为我自己通过MCscanX的不同参数(主要是调节 -s -m 两个参数)获得不同数量的基因对,计算出来的分歧时间和已发表的文章中通过Ks估算的时间有出入,而文章也没有给出很详细的参数,所以想请教一下,十分感谢!
WGDI | 比较基因组分析神器,要啥有啥!写在前面 Emmm,前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息,大体意思“快更新!”。原本,我和小王子商量的是一周一更...
写在前面 Emmm,前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息,大体意思“快更新!”。原本,我和小王子商量的是一周一更...
大神您好!运行lumpyexpress时,出现这样的报错遇到没有啊?
Checking for required python modules (/home/username/miniconda2/bin/python)...
/home/username/miniconda2/bin/lumpyexpress: line 15: -n: command not found
/home/username/miniconda2/bin/lumpyexpress: line 16: [: ==: unary operator expected
/home/username/miniconda2/bin/python: can't open file '/home/username/miniconda2/bin/scripts/bamkit/bamlibs.py': [Errno 2] No such file or directory
使用LUMPY检测结构变异LUMPY是一款基于概率框架检测结构变异(structure variants)的软件, 它根据read-pair, split-read, read-depth和其他先验知...
老师,您好!我做出来的共线性图少了一条染色体是咋回事啊?
「JCVI教程」如何绘制CNS级别的共线性图(中)在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程(上)还是有一个尴尬的事情,就是只用到两个物种,不能展示出JCVI画图的方便之处,因此这里参考https://githu...
@卖萌哥 不知道啥原因啊 我从tair官网下载的蛋白序列,和gff文件。蛋白序列比对的时候,不是用的blast,而是用的diamond(因为blast实在太慢)。gff文件用的一个朋友写的正则,提取出来符合要求的四列,但是就是不晓得 运行完MCScanX,共线性基因为0
。
MCScanX使用小记一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网: http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程:其实之前...
老哥啊!用例子里的.blast文件和.gff可以跑出来,我自己下载了一个拟南芥的蛋白序列,用这个序列做库,用自己比对得到.blast文件,简单处理了一下gff文件(四列那种),然后跑了一下搞不出来,不知道啥子原因啊
MCScanX使用小记一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网: http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程:其实之前...