伞兵55号

已找到组织，陈老师可以忽略这条评论！不好意思，打扰了！

WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！

写在前面 Emmm，前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息，大体意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更...

生信石头

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伞兵55号

陈老师，孙老师，你们好！请教一下，如果我想用Ks的峰值去推算两个亲缘关系很近的不同物种的分化时间，也就是Ks的峰值特别接近于0，要怎么才能得到相对准确呢？因为我自己通过MCscanX的不同参数（主要是调节 -s -m 两个参数）获得不同数量的基因对，计算出来的分歧时间和已发表的文章中通过Ks估算的时间有出入，而文章也没有给出很详细的参数，所以想请教一下，十分感谢！

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生信石头

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伞兵55号

大神您好！运行lumpyexpress时，出现这样的报错遇到没有啊？
Checking for required python modules (/home/username/miniconda2/bin/python)...
/home/username/miniconda2/bin/lumpyexpress: line 15: -n: command not found
/home/username/miniconda2/bin/lumpyexpress: line 16: [: ==: unary operator expected
/home/username/miniconda2/bin/python: can't open file '/home/username/miniconda2/bin/scripts/bamkit/bamlibs.py': [Errno 2] No such file or directory

使用LUMPY检测结构变异

LUMPY是一款基于概率框架检测结构变异(structure variants)的软件, 它根据read-pair, split-read, read-depth和其他先验知...

xuzhougeng

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伞兵55号

老师，您好！我做出来的共线性图少了一条染色体是咋回事啊？

「JCVI教程」如何绘制CNS级别的共线性图（中）

在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程（上）还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://githu...

xuzhougeng

9149 8 24

伞兵55号

@卖萌哥 不知道啥原因啊 我从tair官网下载的蛋白序列，和gff文件。蛋白序列比对的时候，不是用的blast，而是用的diamond（因为blast实在太慢）。gff文件用的一个朋友写的正则，提取出来符合要求的四列，但是就是不晓得 运行完MCScanX，共线性基因为0 。

MCScanX使用小记

一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网： http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程：其实之前...

卖萌哥

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伞兵55号

老哥啊！用例子里的.blast文件和.gff可以跑出来，我自己下载了一个拟南芥的蛋白序列，用这个序列做库，用自己比对得到.blast文件，简单处理了一下gff文件（四列那种），然后跑了一下搞不出来，不知道啥子原因啊

MCScanX使用小记

一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网： http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程：其实之前...

卖萌哥

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