gill_mz

请问ALLHiC_partition中的-k设置是染色体的数目吗

使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装

使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 基因组组装大致可以分为三步（1）根据序列之间的重叠情况构建出contig，（2）基于二代的mate pair文库或光学图谱将co...

xuzhougeng

18575 7 27

gill_mz

请问去掉bubble序列之后基因组大小还是偏大，用purge_dups去冗余可行吗

「基因组组装」使用Canu2.0版本的需要注意一个重要改动

在GitHub上向作者请教这个问题后，作者的答复是：旧版Canu其实没有真正的检测到bubble，因此contig其实包含着buble，建议后续分析要用purge_dups ...

xuzhougeng

3211 5 11

gill_mz

想请问您一个关于jifiasm组装的问题，请问jifiasm可以将hifi,hic,trio binning三种数据一起跑最后得到单倍型组装吗，或者先hic组装之后在继续tiro binning,自己尝试了一下没有成功

hifiasm对HiFi PacBio进行组装

hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。 流程介绍 hifias...

xuzhougeng

19219 4 32