可以给一个老版本的链接吗，万分感谢
利用ggcor包绘制相关性组合图及环状热图ggcor包最初是因为能快速实现19年Science一组合相关性图(上图所示)变得流行起来，除此该包对热图、热图等等的可视化都是很方便快捷的，除了之前介绍过的几种相关性图几种...
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努力努力再努力~<br>个人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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您好，请问可以用kraken的--report输出结果中的第一列作为物种丰度进行后续计算吗？ 因为我尝试用nr数据库进行比对，但是bracken不能处理蛋白序列，所以只能得到kraken的结果
Kraken2+Bracken
1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...
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您好 我下载nr数据库的时候出现了这样的报错，请问是怎么回事呢
Downloading nr database from server... rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (2607:f220:41e:250::12): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (2607:f220:41e:250::10): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (165.112.9.229): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (130.14.250.7): Connection timed out (110)
rsync error: error in socket IO (code 10) at clientserver.c(137) [Receiver=3.2.3]如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...
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@ca716bd21444 就是样品的环境信息
从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechno...
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请问ENA数据库怎么下载metadata 呢
从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechno...
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@蜜罐儿_1747 你解决了吗 好像解压之后没有，但是直接打开压缩文件的话，可以看到这个文件
Flowjo软件安装
不在实验室，想分析一下流式的数据真是困难，于是乎决定在自己的电脑上安装一个破解版的Flowjo。百度尝试了各种下载版本，最终发现了一个靠谱的下载地址：Flowjo参考的下载地...
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请问 --keep-original-seq 这个参数要不要加上呢
VirSorter2识别病毒序列
从宏基因/转录组数据中识别病毒信号缺少1. 广谱基因marker 2. 数据库代表 3. 有效工具。但VirSorter2很OK。 标题：VirSorter2: a mult...
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您好，我安装之后安装文件夹里没有crack这个文件夹，请问是怎么回事呢
Flowjo软件安装
不在实验室，想分析一下流式的数据真是困难，于是乎决定在自己的电脑上安装一个破解版的Flowjo。百度尝试了各种下载版本，最终发现了一个靠谱的下载地址：Flowjo参考的下载地...
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您好，请问您知道怎样下载这1358个subsystems的具体fasta序列吗
SEED数据库简介及使用
SEED是什么 SEED是Fellowship for Interpretation of Genomes (FIG)在2003年发起的一项无资金支持的的开源项目。该项目的核...
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多多分享。
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您好，我用kofamkoala的exec_annotation 的时候，不加-f mapper参数，有些序列有KO的比对结果(e值不大)，加-f参数的时候，输出文件中 这些序列没有相对应的KO值。请问这是怎么回事呢？ 是不是按照predefined adaptive thresholds进行筛选的呢？ 这个阈值是指什么，默认值是多少呢
kofamscan注释KEGG Orthology
记录细菌基因组KEGG注释方法。kofanscan可源码安装（参考链接）或者conda安装（无需管理员权限，推荐）。数据库需要额外单独下载（参考链接）。 文章标题：Kofam...
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您好，请问您是否知道如何用Anvio对已经得到的bin(用其他软件得到的bin)进行去污染呢？
宏基因组数据分析流程代码
熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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您好，请问您是否知道如何用Anvio对已经得到的bin进行去污染呢？
宏基因组mapping和binning笔记整理
1、mapping（bowtie2）比对，估计基因丰度 2、利用contig的核酸组成和丰度的算法来binning，之后再进行单菌组装、宏基因组关联分析等 Mapping简介...
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不做无条件咨询，见谅
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植物逆境营养博士生，<br>喜欢折腾编程方面的东西，<br>爱好摄影，偶尔喜欢装文艺。
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您好，用hmmscan搜索HMM库，--domtblout的输出结果中一条序列可能对应多个结构域；每个结构域又有多个结果，对应序列不同的位置. 请问 要想知道这条序列有几个结构域，以及结构域分别对应的位置，该怎样筛选呢；序列上 两个结构域的位置能有重合吗
HMMER3.1使用
最近在探索全基因组基因家族的分析方法，而找到某一家族需要通过保守结构域来预测，从而找到物种的某一基因家族，从而进行之后的分析。这里就需要用到HMMER3.1软件，鉴定物种某一...
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@巩翔宇Ibrahimovic 谢谢，抱歉我可能没表达清楚。比如，--domtblout的输出结果是这样的：一条序列比对到ABC三个结构域，ABC又分别有三行结果，对应的是序列的不同位置，但是e-value是一样的，也就是domtblout中有九行结果。我的疑问是：从第一行开始向下筛选，因为A的三个结果对应的位置是不一样的，那么A的这三个结果只保留一个，还是全都保留呢；要是只保留一个的话 那么是不是筛选完A之后，对于B的三条结果，只要位置没有和A重合，就保留，如果位置有重合，那么就不保留；最终ABC分别最多只保留一条结果
【HMMSCAN】使用pfam数据库对多序列文件进行结构域注释
写在前面 做基因功能的人都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域，...
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您好，请问您知道如何用anvio对已经得到的宏基因组bin进行去污染吗
使用anvi'o 进行微生物pangenomics泛基因组分析
1.数据下载 2.数据解压 2.泛基因组数据库的构建 泛基因组分析 后面还可以对其泛基因组功能进行分析，感兴趣的大家去anvio网站学习吧！
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