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2023-06-27 | 关于vep如何使用gff或者gtf文件进行注释（perl模块安装遇到的坑）
step1：conda创建vep环境，安装vep step2：安装完vep，可以使用其他功能，但是在用gff文件作为注释源的时候，发现少了perl模块Bio::DB::HTS...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安装、配置和使用
软件说明 Ensembl VEP是一款突变注释文件，但是相关的配置比较困难。这次我们使用conda进行安装，可以跳过繁琐的环境配置过程。http://asia.ensembl...
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sORF的鉴定、综述、数据库
sORF的鉴定 华科刘世勇开发的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/]，可用于鉴定植物的LncRNA和sORF...
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人类心脏的蛋白翻译组学蓝图在人类组织中的翻译图谱显示，长链非编码RNA和环状RNA上预测的致病性变异的下游经常被翻译，本研究描述了数百个微蛋白的翻译情况。 Highlights Ribosome pr...
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Ribo-seq分析必看文献 | 知识（一）：15年玉米Ribosome profiling reveals dynamic translational landscape in maize seedlings under dro...
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TE 注释工具EDTA的安装及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该工具的主要步骤是过滤掉原始TE...
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Perl 命令行实战1 - fasta文件的相关操作
Perl 命令行实战1 - fasta文件的相关操作 注：本文会不断更新...... 之前的5篇简书小文已经说明了常用的参数的使用方法，学习了当然要致用啊！这里我们就来操作一...
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傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 为了一件小事也不得不写程序时，你是否会觉得心里很烦？本栏目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧，纯傻瓜式操作，助你事半功倍，心情倍...
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2021-11-19 翻译组学技术对比
Ribo-seq 虽然核糖体图谱技术具有诸多优点，但该技术 操作相对比较复杂， 对样本的需求量大， 测序偏好性强， 成本较高， 而且影响 RPF 的因素众多， 如RNase ...
