IP属地：北京
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量化免疫浸润时CIBERSORT的注意事项CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？是芯...
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TADCompare的安装与使用
最近在比较样本间TAD的差异，看到有个R包TADCompare可以做，学了一下，这个R包功能比较齐全，可以比较，还能直接出图，很方便。接受很多格式的输入。用法官网[https...
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187. 重复的DNA序列（Python）
题目 难度：★★☆☆☆类型：数组方法：遍历 传送门 所有 DNA 都由一系列缩写为 A，C，G 和 T 的核苷酸组成，例如：“ACGAATTCCG”。在研究 DNA 时，识别...
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Dynamics and function of DNA methylation in plantsAbstract DNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。一个特定的DNA甲基化状态是由从头甲基化、甲...
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终于有人注意到"width均为401"这个问题了,我找了好久才找到原因。感谢作者
ATACseq 分析流程
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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将qualimap结果统计成表格qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令： 获得很多结果 从结果中提取统计数据，保存到Excel表中。首先获得文件路径，保存在file_name.txt文件中；...
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咬文嚼字之mapping&alignment写在前面的废话 有时候我在读文献时，明明前面用的是alignment，但是接下来又使用了mapping。起初，我认为二者意思相同，后来发现没那么简单。无奈之下只能自己搜集资料...
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ATAC-Seq 数据分析（上）背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态...
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@超级无敌大蜗牛 我发现输入是broad Peak，读取文件时第一行消失了；但是narrow Peak就不会。你可以试试！只有三列的情况，一个在第一行加表头，一个不加表头，对比注释出的结果。
使用ChIPseeker对找到的peaks文件进行注释
from Jimmy 读入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性质 ChIP Peaks over Chromoso...
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circos 学习手册（六）
ideogram（一） 介绍 在生物学应用背景下，circos 图通常对应于染色体，组装的 contigs 或者克隆 clones 等 我们默认将 ideogram 认为是染...
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探针寻找之旅（8）——RIdeogram绘制染色体探针分布图
安装 linux服务器都装不上，净是问题，在自己win10的电脑上装的很是顺利！> BiocManager::install("RIdeogram") 准备输入文件 kary...
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转录组 | 参考基因组三个常用参考基因组数据库： Ensembl：www.ensembl.org[http://www.ensembl.org] NCBI：https://www.ncbi.nlm...
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你好，如果是broadPeak，需要做哪些修改呢？
使用ChIPseeker对找到的peaks文件进行注释
from Jimmy 读入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性质 ChIP Peaks over Chromoso...
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使用ChIPseeker对找到的peaks文件进行注释from Jimmy 读入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性质 ChIP Peaks over Chromoso...
