基因翻译,即遗传密码从转录本到蛋白质的过程,也是功能基因能够发挥自身作用前的必经之路。基因的翻译效率收到很多因素的调控,这其中最直接的是基因本身的转录丰度,正常情况下,翻...
基因翻译,即遗传密码从转录本到蛋白质的过程,也是功能基因能够发挥自身作用前的必经之路。基因的翻译效率收到很多因素的调控,这其中最直接的是基因本身的转录丰度,正常情况下,翻...
"枪响了""看到是谁开的枪了吗""看不清,他站在道德的制高点上,他在阳光下。" ——温特伯格《狩猎》 知其道,用其妙。 vect...
在RNA-seq分析结果中经常会看到由两个主成分(PC1,PC2)绘制的PCA (principal component analysis)质控图,来反映样本间的远近关系...
TCellSI:一款借助Mann-Whitney U统计量,通过特定marker基因集和背景基因,对T细胞状态进行评估打分的软件。该软件能够准确评估T细胞的八种不同状态分...
之前的推文[个性化ChIPseeker注释peak结果[https://www.jianshu.com/p/f1307325d8a2]]里面分享了利用ChIPseeker...
clusterProfiler包做富集分析后,可直接使用配套的可视化函数展示结果,最常见的形式有barplot、dotplot。网上有很多相关的推文,今天咱来说点不一样的...
有些问题来来回回,学了忘,忘了学,反反复复很多次,用到时依然是模糊的。之所以被遗忘,也许是问题本身不重要,没有什么存在感;也许是要学的东西很多,脑容量不够。Anyway,...
分析空间转录组数据的时候,简单地学习了一下MISTy模型框架:一个灵活扩展,可解释的机器学习框架,可用于从任何空间组学数据中提取关系,可同时评估数十到数千个marker。...
都4202年了,还需要纠结RNA-seq分析软件的选择么?一般来说无需在软件的选择上纠结,如果数据中的信号比较强,用什么软件都应该能检测到,改变的效应也都应该能get到,...
上周的推文[计算基因组范围内邻近DSB的间距[https://www.jianshu.com/p/d8f19cb90279]]介绍了邻近DSB间距的计算方法。虽然结果没有...
最近客户想验证一下基因组内邻近DSB之间的距离分布在实验组和对照组是否有差别。不熟悉DSB的朋友可以先看一看这篇推文:END-seq数据分析[https://mp.wei...
最近一直在用scanpy分析单细胞数据,真的是越用越顺手,但常在河边走哪有不湿鞋的呢?这不一不小心就给自己埋下了一个难以察觉的潜在问题。为什么这么说呢?因为这个问题通常情...
一行代码即可简单优雅地搞定细胞比例堆叠条形图:
最近看了不少关于空间转录组的文献,其中印象最为深刻的还是2022年发表在nature上的文章:Spatial multi-omic map of human myocar...
Single-cell best practices学习资源所有内容如下: Introduction 1. Prior art[https://www.sc-best-pra...
10x Visium空间转录组数据下游聚类时,可以分为两种策略:一是基于细胞类型相对比例聚类,二是基于基因表达值聚类。第二种与普通单细胞处理方法一致,第一种略有不同。 ...
最近需要处理10x Visium空间转录组的数据,所以到官网学习了一番基础分析流程的内容。 Slide Parameters 需要搞清楚数据使用的芯片类型,以便后续需要手动对...