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【3】蛋白质组学鉴定软件之Mascot1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New feature...
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蛋白质组学数据分析——（1）原理当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了，但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训，所以是时候把知识...
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蛋白质组学数据分析笔记说明前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析...
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3. 蛋白质谱的原理及使用（3）
说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。 主要知识点：--液相色谱仪及组...
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4. 蛋白质组学数据分析基础（3）
说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。 主要知识点：--DI...
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【Git】常用命令和配置原理 Git 命令很多，但日常使用只要记住下图的6个主要命令，就可以了。 在git管理下的正常目录都算是工作区。就是你平时存放项目代码的地方。 暂存区，用于临时存放你的改动，...
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【ProteoWizard MSConvert】质谱文件格式简介及其转换质谱格式 质谱文件格式多种多样，各仪器厂商产出的数据都有不同。虽然HUPO已经对质谱数据进行了标准化，但大家依然是我行我素，因为不得不用它们提供的软件，而不同的软件会要求不同...
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多组学分析及可视化R包最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. ...
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MaxQuant的Linux试运行
前言 MaxQuant免费不开源，相对其他各大厂商垄断的软件来说，实在是良心软件，尤其对labelfree数据准确性和蛋白鉴定数都有较好的优势。缺点也是很明显，Linux不友...
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【多组学工具】omicsbean简单记录下。 omicsbean由金弗康公司开发，推出较早，好像是2015年。 R shiny实现，基本无创新，针对小白，收费。以单组学绘图为主，多组学部分有如蛋白与代谢组联...
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蛋白质组学数据的缺失值填充
缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据...
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【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍解读相关专业术语 2个概念：胚系、体系突变 4种变异类型：SNV、Indel、融合/SV（大的易位/倒位/缺失）、CNV 2个免疫指标：TMB、MSI 3个权威机构指南：FD...
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【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在n...
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【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD[toc] 1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对...
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【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不...
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【2】蛋白质组学鉴定软件之Comet1.简介 官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源 适用Windows/Linux 多线程，支持多种输入输出...
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【1】蛋白质组学鉴定软件之X!Tandem1. 简介 X!Tandem是GPM：The Global Proteome Machine（主要基于Web的开源用户界面，用于分析和显示蛋白质鉴定数据。关于GPM的更多内容...
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【机器学习与R语言】13- 如何提高模型的性能？1.调整模型参数来提高性能 参数调整：调节模型合适的选项的过程，如股票C5.0决策树模型中的trials参数，神经网络中的调节节点、隐层数目，SVM中的核函数等等。 care...