更新20181216 今天又把KaKs_calculator2.0的帮助手册翻出来看了一遍，找到了一句话：Before calculation, gaps and stop ...
IP属地：内蒙古
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使用KaKs_calculator计算Ka/Ks的一个小实例 -
个人向ggplot2箱线图总结主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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ggplot2中的艺术调色板morris William Morris palettes for ggplot2 分享一个ggplot2中的艺术调色板，各位看官老爷细细品味，喜欢请关注个人公众号R语言数...
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ggplot2高效实用指南简介 文章较长，点击直达我的博客，浏览效果更好。本文内容基本是来源于STHDA，这是一份十分详细的ggplot2使用指南，因此我将其翻译成中文，一是有助于我自己学习理解，另外...
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跟着Nature microbiology学画图~R语言ggtree展示进化树今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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PCA原理及实现-RPCA分析与解释 PCA是一种无参数的数据降维方法，常用的机器学习算法一种，这篇文章主要从PCA应用于解释两个方面介绍。关于PCA原理，详情这里[https://royals...
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使用ggord包进行PCA分析和作图PCA（Principal Component Analysis）主成分分析， 用来考察多个变量间相关性一种多元统计方法，研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构...
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Beast v1.8简易手册
Beast是用来进行贝叶斯MCMC分析的一系列合集软件，其主要组成程序有BEAUti、BEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree，这几个软件的组...
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2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...
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系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
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群体分布——如何用R语言绘制群体地理分布Nathan写于2020.08.15群体的地理分布，是做文章经常放的第一张图，其表明你的群体材料在地理上分布的情况（感觉是一句废话） 01 input 首先输入数据是样品分组...
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苦逼的科研狗<br>记性不好所以一些东西就写下来加深印象，正好分享给一些需要的朋友
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群体遗传学一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0进行SNP calling 首先下载数据eg： 01.align 首先定义相关用到的变量，然后使用baw创建索引之后进行map。 ...
