以下参照 hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍 1.软件安装 2.数据准备 下载「基因组学」使用OrthoFinder进...
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基因家族分析 | 预测基因家族收缩与扩张（orthofinder，cafe）
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基因家族聚类之OrthoFinder刘小泽写于19.2.11 这是干啥的？ 做进化、基因家族分析、比较基因组使用 OrthoFinder is simple to use and all you need to...
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【WEGO】GO注释可视化导入数据 BGI开发的一款web工具，用于可视化GO注释结果。自己平时不用，但要介绍给别人，简单记录下要点，避免每次授课前自己忘了又要摸索。 地址：http://wego.g...
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基于blast进行GO功能注释
目前GO注释主要分为两种方法，其一，序列相似性即blast，其二，结构域相似性比对（InterProsScan），该方法在前面也提及过，本文就blast进行简要概述 所需文件...
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无参物种背景基因GO注释
相似的基因在不同物种中，其功能往往是保守的。通过GO注释可获得跨物种的同源基因及其基因产物的功能描述。对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行背景基因的GO注释，以...
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blast与blast+使用（参数、输出文件格式）
一、BLAST+（NCBI发布于2009年） 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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【RSS】[3] Filtering FASTQ files & cutadapt用法在分析了QA报告之后，人们可能想放弃some of the reads based on several criteria;我们将使用两个不同的工具来执行这些过滤步骤：PRI...
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RNA-Seq数据分析—cutadapt质量控制可对fastq数据进行质量控制的软件有很多，今天我们先学习cutadapt。 安装 官方帮助文档 常用参数 我处理的数据 我的数据（GSE176393）是应用Illumina...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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转录组分析1——原始数据以及过滤Counts值 对给定的基因组参考区域，计算比对上的read数，又称为raw count（RC）。计数结果的差异的影响因素：落在参考区域上下限的read是否需要被统计，按照什...
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转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）获得转录组数据（.fastq文件）后的第一步就是对原始数据的质量控制。 目的 质量控制的目的是全面查看原始数据的质量，内容包括碱基质量评估、GC含量检验、N碱基数量评估、TC...
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干货 | 一文教会你如何采用Linux系统处理RNAseq测序数据转录组是指细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和。转录组测序（Transcriptome sequencing）是基于Illumina HiSeq测序平台检测细胞内所...
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转录组入门（1）：计算机及软件安装
作业要求 最好是有mac或者linux系统，8G+的内存，500G的存储即可。需要安装的软件包括 sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htse...
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植物逆境营养博士生，<br>喜欢折腾编程方面的东西，<br>爱好摄影，偶尔喜欢装文艺。
