R语言传参快速使用脚本 简便版 进阶版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包传参 补充：系统自带的传参方法commandAr...
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R语言传参2022-08-24
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基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencin...
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R语言数据处理替换操作（含gsub函数常用示例）——实战单细胞信息注释函数 2022-07-01
适用背景 在R语言中，我们需要对字符串、向量和数据框等数据类型进行替换操作，有时候是因为需要更换别名，有时候是因为数据存在错误需要修正，有时候则是因为需要删除某些信息。本文将...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07关键词 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快运行速度 Seurat 并行运算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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Hi-C | 基础介绍一、技术原理 基因组研究的维度可以分为很多种，例如下图所示 其中Hi-C是研究三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformatio...
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被子植物系统发育位置 杂记被子植物中，无油樟目（Amborellales）、睡莲目（Nymphaeales）和木兰藤目（Austrobaileyales）并称基部被子植物类群，取首字母组合成了ANA ...
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收录比较基因组学，进化基因组学，群体基因组学，分子进化，及相关领域的各类文章。特别地。由于是简书，建树的内容当然是必不可少了。 欢迎大家投稿
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关心一下你的研究材料？农林牧渔~写在前面 很多时候，我们会看到一些文稿，上来就是“我研究的物种如何如何重要”。其中，最有说服力的，或许就是，基于“FAO STAT”，品类产量几何几何。以前，我也不多关注这个...
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chromosome---基因家族成员在染色体上的分布及共线性图首先介绍如何在染色体上标注基因家族成员位置。先上图： 要实现这个图需要准备两个文件，一个基因组格式化的fai文件，该文件的获取在： 需要注意的一点是，有些同学可能动过了自己的...
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全球首次！中国热科院椰子所联合华大基因公布海南槟榔全基因组
近日，中国热科院椰子所联合华大基因完成了槟榔（Areca catechuL.）基因组测序拼接及分析工作，全球首次完成及公布海南槟榔全基因组测序。研究成果以“Chromosom...
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从fasta文件中批量提取特定序列
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^raccoon」的原创文章perl实现根据序列ID从提取fa...
