此前文章中小编已经给大家介绍了微生物群落组成多样性分析的三大主要板块——Alpha多样性分析、Beta多样性分析及群落结构组成分析。然而，在微生物高通量测序数据分析过...
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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——RDA分析 -
科研绘图找不到漂亮的颜色？看这里“在科研绘图过程中，除了一些科研软件自带的颜色外，相信大家有时候也想自己为图片进行配色，使图片更加美观生动，让人眼前一亮，先上效果图，顺便分享一些配色方案！” “下面...
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绘制堆叠柱形图（ggplot 2）使用群落微生物物种丰度表数据
群落微生物物种丰度表-绘制堆叠柱形图（ggplot 2） 今天我们先来讲一下如何利用细菌群落的高通量测序数据来绘制堆叠柱形图来展示不同样品中优势菌的相对多度。 话不多说，直接...
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研究生一枚，主要研究方向为植物内生菌及微生物相关内容，公众号【科研后花园】，主要更新内容：1）基于R的科研绘图；2）科研小技巧分享；3）绘图技巧分享；4）科研网站分享。
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公众号 R语言数据分析指南，欢迎大家关注
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Alpha多样性指数求标准差及平均值
Alpha多样性指数求标准差及平均值 现在使用高通量测序技术来对微生物群落来进行测序分析已经发展很多年了，在论文中经常有使用到Alpha多样性来对微生物群落进行组内差异分析，...
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orthofinder安装及使用教程安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...
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R语言：R语言调色板相信各位在肝图表写论文时，一定都会思考：这张图表用啥颜色？论文整体配色搭配怎么把控才好看？ 毕竟高分期刊大牛文章的共通点，除了论文精彩，整体配色也十分具有吸引力。 许多在线配...
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R011 基本图形-箱线图boxplot()箱线图（又称盒须图）通过绘制连续型变量的五数总括，即最小值、下四分位数（第25百分位数）、中位数（第50百分位数）、上四分位数（第75百分位数）以及最大值，描述了连续型变量的...
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ggplot2绘制箱线图参考自https://www.cnblogs.com/ljhdo/p/4921588.html 作者：悦光阴 箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、...
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R语言 ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图 多个箱线图
ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图 使用本地数据 鸢尾花（yuān wěi huā）做示例 结果输出如下面的图
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可能会用到的R语言包~5
1 ggpmisc 添加回归曲线 2 ComplexUpset 维恩图 3 colorfindr 提取图片中的配色 4 flextable 统计模型快速出表格 参考微信公众号...
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微生物多样性qiime2分析流程(9) 数据可视化分析(中）之绘制相关性热图前面介绍了微生物多样性如何整合数据并进行了基础可视化分析，现在让我们开始进行更加深入的相关性分析和差异分析（相关性热图，RDA，CCA，Lefse） 1. 相关性热图 一般我...
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相关性分析 Pearson 相关系数 和 Spearman 秩相关系数
分析连续变量之间线性相关程度的强弱，并用适当的统计指标表示出来的过程称为相关分析。本文主要介绍比较常用的 Pearson相关系数、Spearman秩相关系数。这两个相关性系数...
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查找文献综述 —— web of science最近开始写大论文，需要查阅很多综述，并且导入到endnote里，随手记录下来，也许会帮助到大家。 Endnote的下载安装，推荐这篇：https://mp.weixin.qq...
