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R语言绘图包08--森林图的绘制：forestplotR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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R语言| 亚组分析森林图（基于HR结果）欢迎大家关注我的公众号：一只勤奋的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
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TCGA+biomarker——单因素Cox回归
生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计...
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TCGA学习03：生存分析TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02：差异分析 - 简书 [htt...
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maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化
本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开...
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基于R对TCGA患者临床数据整理和Cox分析
一、数据整理 1 导入数据 利用data.table包导入数据，以LUAD为例 2 选择感兴趣的临床信息 一般常规项包括submitter_id，vital_status，t...
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老大醒脑题-我却迷糊了
问题链接看http://www.bio-info-trainee.com/4458.html 我碰到的问题 1.要不要把每个list变成data.frame,我给变成了，我首...
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NCBI数据库Fastq原始序列上传和登录号获取最近文章要求原始数据上传NCBI数据库，小白摸索了一路总算有了点认识哈哈~写下来当做笔记。 1.账号 首先我们要登录NCBI网站，见图1右上角，如果有账号直接登陆就好。没有的...
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你好，请问解决了吗，我也遇到了相同的问题
GPL17586、GPL19251和GPL16686平台芯片ID转换
原文载于生信技能树我写此文是为了致敬生信技能树团队！感谢他们无私分享！ 以下是生信技能树学员笔记投稿 芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcrip...
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GPL17586、GPL19251和GPL16686平台芯片ID转换
原文载于生信技能树我写此文是为了致敬生信技能树团队！感谢他们无私分享！ 以下是生信技能树学员笔记投稿 芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcrip...
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R|可视化|multiROC作者：理查德·高 1.数据准备 futime生存时间：删除time<30d、unknown和空值； fustat生存状态：删除unknown、空值； age：删除unknow...
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TCGA-mRNA的生存分析引言：本文主要记录mRNA生存分析过程中遇到的问题以及具体过程，生存分析用的是最常见的KM法Kaplan-Meier。 工具：TCGA的数据通过library(TCGAbio...
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sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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你好，批次之后得到的文件可以进行后面的差异分析吗
sva ComBat去除GEO数据批次效应
批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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R做GSEA富集分析首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
